我正在Bioperl寻找GOterms基因.我检索一个html文件,将其转换为文本,删除所有额外的空格和换行符,并尝试通过生成的数组.
但是,我一直在获取访问数组中未初始化值的错误.我进行了很多检查,以确保数组不是空的,我不会超出界限.我怎样才能摆脱这个错误?
我以更易读的格式重新发布了代码.谢谢您的帮助.
它似乎成功地从html中解析出正确的数据,所以我不知道什么是错的.
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use LWP::Simple;
use HTML::TreeBuilder;
use HTML::FormatText;
my $URL = get("http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0000001");
my $Format = HTML::FormatText->new;
my $TreeBuilder = HTML::TreeBuilder->new;
$TreeBuilder->parse($URL);
my $Parsed = $Format->format($TreeBuilder);
print "$Parsed";
my @parsed = split( /[ ]{2,}|(\n+)|(\r+)/, $Parsed );
if ( @parsed == 1 ) { return; }
my %termhash;
my $count = 0;
while ( $count < @parsed ) {
if ( defined $parsed[$count] && $parsed[$count] eq 'Name' ) {
my …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)