我需要比较X和Y染色体的DNA序列,并找到Y染色体独有的模式(由大约50-75个碱基对组成).注意,这些序列部分可以在染色体中重复.这需要快速完成(BLAST需要47天,需要几个小时或更短时间).是否有任何算法或程序特别适合这种比较?同样,速度是关键.
我把它放在SO上的原因之一是从特定应用领域之外的人那里获得视角,他们可以提出他们在日常使用中用于字符串比较的算法,这可能适用于我们的使用.所以不要害羞!
我正在为我开发的应用程序设计一个跨平台的地图编辑器,我不确定采用什么方法来选择语言/ gui库.只是为了一些基本信息,编辑器需要解析并输出xml文件.
我对C++,Lua和Perl最熟悉,但我也愿意使用Python(可以使用这种做法).我更喜欢用脚本语言来提高工作效率.
任何建议都表示赞赏,谢谢.
我也想支持填写表格等.
PS我已经测试了扩展现有的地图编辑器,但它并不值得,因为它们不提供我在基础层面上需要的功能,要求我只是重写整个事情.
现在实际上已经发生了两次。我正在编写一个跨平台的应用程序,并且我的一些函数名称与Windows API冲突。我所做的(例如,使用LoadObject)是...
#undef GetObject
这是可以的方法,还是应该重命名功能?
c++ ×2
algorithm ×1
dna-sequence ×1
lua ×1
performance ×1
perl ×1
python ×1
winapi ×1
windows ×1