我正在尝试使用{pegas}的haploNet功能来绘制单倍型网络,但是我在同一个饼图中将来自不同群体的相同单倍型变得困难.我可以用以下脚本构建单倍型网:
x <- read.dna(file="x.fas",format="fasta")
h <- haplotype(x)
net <- haploNet(h)
plot(net)
我想在dnabin数据中设置每个分类群的原始种群的标签,因此我可以在得到的网络中得到不同颜色的饼图(来自不同种群的单倍型).我还想删除生成的单倍型网络中的重叠圆圈.
谢谢你的帮助!
一个例子:
> data(woodmouse)
> x <- woodmouse[sample(15, size = 110, replace = TRUE), ]
> h <- haplotype(x)
> net <- haploNet(h)
> plot(net, size=attr(net, "freq"), scale.ratio = 2, cex = 0.8)
该脚本用于使用{pegas}构建单倍型网络.较大的圆圈代表某种类型的更多单倍型.我想知道如何在dnabin矩阵中设置单倍型的起源,因此它们会在网络中以不同的颜色出现.