我正在使用unix shell脚本进行基因组构建,然后创建系统发育。根据您使用的基因组组装器,最终输出(系统发育)可能会发生变化。我希望比较使用各种基因组组装器的效果。我已经制定了一些指标进行比较,但是我需要组织它们的帮助,这样我才能进行有用的分析。我想在列中将数据导入excel。
这是我用来输出数据的脚本:
echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"
echo "Size of Data Set:" >> metrics_file.txt
echo $SIZEOFDATASET >> metrics_file.txt
echo "Enter the name of your assembler"
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler"
echo "Name of Assembler:" >> metrics_file.txt
echo "$NAMEOFASSEMBLER" >> metrics_file.txt
echo "Time:" >> metrics_file.txt
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
输出结果如下所示:
Size of Data Set:
387 Mb
Name of Assembler:
Velvet
Genome Size: …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)