小编use*_*519的帖子

假设我有一个包含3个序列的fasta ...

ATTTTTGGA
AT
A

我希望我的序列数据看起来像这样:

ATTTTTGGA
ATTNNNNNN
ANNNNNNNN

是否有任何程序或脚本可以在合理的时间范围内完成此任务.我有成千上万的序列.谢谢!

我正在乱搞并尝试这个,文件最后空白,但这是我已经得到的.

import sys
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
in_file = open(sys.argv[1],'r')
sequences = SeqIO.parse(in_file, "fasta")
output_in_file = open("test.fasta", "w")
for record in sequences:
    n = 150
    record.seq = record.seq + ("N" * n)
    seq = seq[:n]
output_in_file.close()
in_file.close()