我正在使用biopython包,我想像tsv文件一样保存结果.这个输出从print到tsv.
for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))
谢谢.
我正在尝试按循环绘制图。
输入数据：具有相同结尾* depth.txt的表，表中有2个制表符分隔的列：
Baba"\t"58.38
Tata"\t"68.38
Mama"\t"30.80
jaja"\t"88.65
输出：我想plot()为每个文件的每个* depth.txt（它们的名称与表的名称相同）获取一个jpeg文件（x轴为表的第一列，y轴为第二列）柱）
我创建了脚本的一部分，但是它不起作用：
files <- list.files(path="/home/fil/Desktop/", pattern="*depth.txt", full.names=T,recursive=FALSE)
for (i in 1:length(files))
plot(read.table(files[i],header=F,sep="\t")$V1,read.table(files[i],header=F,sep="\t")$V2)
dev.copy(jpeg,filename=files[i])
dev.off
它不起作用，能帮我吗？我是R的初学者。
我有逗号分隔的文件，我想用相同的拆分条件将第 15 列拆分为 $NF（第 15 列到最后一列），split($column,a,"-")并为每个拆分的列打印 a[1]。我不能循环从第 n 列到最后一列并为每个列打印。
awk -F',' -v OFS="\t" '{for(i;$15<i<$NF,i+1);split($i,a,"_"); print ???}' file.csv
文件打印表格第 15 列的示例：
NBPF1-chr1-16579269-16579502-MedEx,NBPF1-chr1-16580779-16580863-MedEx,NBPF1-chr1-16581333-16581592-MedEx,NBPF1-chr1-16582457-16582758-MedEx,NBPF1-chr1-16583499-16583796-MedEx
我的期望：
NBPF1,NBPF1,NBPF1,NBPF1,NBPF1,NBPF1
谢谢你。
我需要一些帮助.
第一个文件
0.5
0.4
0.1
0.6
0.9
第二个文件.bam(我必须使用samtools视图)
aaaa bbbb cccc
aaab bbaa ccaa
hoho jojo toto
sese rere baba
jouj douj trou
我需要输出:
aaaa bbbb cccc
aaab bbaa ccaa
sese rere baba
条件:如果第一个文件的$ 1在<0.3; 0.6>从第二个文件打印同一行,如果不是,则擦除它.我想从第一个文件的条件得到滤液第二个文件.我更喜欢awk或bash代码,但这并不重要.
第一个文件的条件:
awk '{if($1>0.3 && $1<0.6) {print $0}}'
你能帮帮我吗？非常感谢
我有一个输入文件，该文件用制表符分隔，但我想删除所有空列。空栏：$ 13 = $ 14 = $ 15 = $ 84 = $ 85 = $ 86 = $ 87 = $ 88 = $ 89 = $ 91 = $ 94
输入：超过90列的tsv文件
a b d e g...
a b d e g...
输出：tsv文件无空列
a b d e g....
a b d e g...
谢谢
你好,我有这个文本文件:
chr1 30.3
chrx 30.5
chr3 31.3
chr4 31.7
chrX 33.6
chr1 34.1
我想得到:
30 - 31 2
31 - 32 2
32 - 33 0
33 - 34 1
34 - 35 1
我试图使用这个bash和awk代码,但它不起作用.你可以帮帮我吗？
#!/bin/bash
for i in {30..60..1}
do
h=$i
let "h += 1"
export i
export h
awk -v g=$i -v c=$h '{if ($3 >= $g && $3< $c) print $0}' /home/filip/Desktop/AMrtin\ Hynek/doktor.txt | awk 'END{print $i"-"$h,"\t",NR}'
done
我想创建awk代码,它将修改这样的文本:
我有这个代码,但它不好:
#!/bin/bash
for i
in *.vcf;
do
awk 'BEGIN {print "CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILT\tINFO\tFORMAT"}' |
awk '{$1 "\t" $2 "\t" $3 "\t" $4 "\t" $5 "\t" $6 "\t" $7 "\t" $8 "\t" $9}' $i |
awk '!/#/' > ${i%.vcf}.tsv;
done
INPUT:
> ##fileformat=VCFv4.1
> ##FORMAT=<ID=GQX,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum of {Genotype quality assuming variant position,Genotype quality assuming
> non-variant position}">
> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1 chr1 10385471 rs17401966 A G 100.00 PASS DP=67;TI=NM_015074;GI=KIF1B;FC=Silent GT:GQ:AD:VF:NL:SB:GQX 0/1:100:29,38:0.5672:20:-100.0000:100
> …