小编use*_*933的帖子

我可以手动下载FASTA文件,如下所示:

>lcl|CR543861.1_gene_1...
ATGCTTTGGACA...
>lcl|CR543861.1_gene_2...
GTGCGACTAAAA...

通过单击"发送到"并选择"基因特征",FASTA核苷酸是唯一的选项(这很好,因为这就是我想要的)在此页面上.

使用这样的脚本:

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EUtilities;

my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil   => 'efetch',
                                       -db      => 'nucleotide',
                                       -id      => 'CR543861',
                                       -rettype => 'fasta');
my $file = 'CR543861.fasta';
$factory->get_Response(-file => $file);

我得到一个看起来像这样的文件:

>gi|49529273|emb|CR543861.1| Acinetobacter sp. ADP1 complete genome
GATATTTTATCCACA...

将整个基因组序列集中在一起.如何获取第一个(手动下载)文件中的信息？

我查看了其他一些帖子:

• 如何在biopython entrez.esearch中下载完整的基因组序列(这个答案似乎相关)
• 如何只用一个入藏号下载整个GenBank文件？

以及来自EUtilities Cookbook的这一部分.

我尝试获取并保存GenBank文件(因为它似乎对我得到的.gb文件中的每个基因都有单独的序列),但是当我使用Bio :: SeqIO使用它时,我将只获得1个大序列.