小编jam*_*lly的帖子

访问 Xarray 数据集时的 HDF5 警告

我想了解导致我在以下情况下收到警告消息的原因:

在之前的操作中,我创建了一些 NetCDF 文件并使用xarray.to_netcdf().

在 jupyter 笔记本中对这些数据集进行惰性评估完全没问题,并且在以下情况下我不会收到警告/错误:

  • .nc通过打开这些文件ds = xarray.open_mfdataset('/path/to/files/*.nc')
  • 通过以下方式将尺寸数据加载到内存中ds.time.values
  • 惰性选择通过ds.sel(time=starttime)

我似乎能够在对内存加载的数据进行计算时做我想做的一切。但是,我经常在以下情况下收到相同的错误集:

  • 通过加载数据来绘图ds.sel(time=starttime).SCALAR_DATA.plot()
  • 通过提取/加载数据ts = pd.Series(ds.SCALAR_DATA.loc[:,y,x], index=other_data.index)

请注意,尽管有这些警告,我执行的操作确实会产生预期的结果(绘图、时间序列结构等)。

生成以下错误的共同点似乎是从打开的数据集中加载数据。编辑:经过一些进一步的实验,我的工作环境中的软件包版本可能会导致依赖 HDF5 的软件包版本之间发生一些冲突。

以下错误重复多次。

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.12.2) thread 1:
  #000: H5A.c line 528 in H5Aopen_by_name(): can't open attribute
    major: Attribute
    minor: Can't open object
  #001: H5VLcallback.c line 1091 in H5VL_attr_open(): attribute open failed
    major: Virtual Object Layer
    minor: Can't open object
  #002: H5VLcallback.c line 1058 in H5VL__attr_open(): attribute open failed …
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

hdf5 netcdf python-xarray netcdf4

12
推荐指数
3
解决办法
3229
查看次数

标签 统计

hdf5 ×1

netcdf ×1

netcdf4 ×1

python-xarray ×1