小编Amy*_*son的帖子

我正在尝试调整Bioperl脚本来更改fasta文件中特定位置的核苷酸并输出具有更改序列的新文件.

fasta输入示例:

>seq1
AAATAAA

更改文件的核苷酸位置示例:

##fileformat=VCFv4.1                
##samtoolsVersion=0.1.18 (r982:295)             
#CHROM  POS REF ALT
seq_1   4   G   A

我的脚本输出应该是:

seq_1  AAAGAAA

这是我目前的脚本:

 #!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::CodonTable;
use Bio::Seq;


my $original = shift @ARGV;
my $vcf = shift @ARGV;
my $outname = shift @ARGV;

# read in fasta file with gene sequences
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$original" , '-format' => 'Fasta');
my $out = Bio::SeqIO->new('-format' => 'Fasta');

    open (my $fh2, $vcf) or die "Error, cannot open …