小编use*_*089的帖子

在我正在使用R Studio进行开发的软件包中,我创建devtools::use_vignette("mydoc.Rnw")了一个vignettes via ,它提供了一个标准的插图标题

---
title: "Title"
author: "Michael Friendly"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Title}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

我已按照http://yihui.name/knitr/demo/vignette/和http://r-pkgs.had.co.nz/vignettes.html中的所有说明进行操作.该插图被列出的包CRAN页面上,但他们似乎有从包R对话无法访问.

 > browseVignettes("matlib")
 No vignettes found by browseVignettes("matlib") 

> library(tools)
> names(vignetteEngine(package = 'matlib'))
Error in getEngine(name, package) : 
  None of packages ‘matlib’ have registered vignette engines

我知道其他包含knitr-processed .Rmd晕影的包可以从包中访问,但无法弄清楚为什么我的不是.缺什么？

我的vignettes/目录只包含.Rmd文件(没有PDF),但这似乎与https://github.com/yihui/knitr/tree/master/vignettes相同.

在一个书籍项目中,我有很多输出我想缩写,只选择一行的子集,并添加...以指示某些输出已被省略.例如,在输出中summary(lm()),我可能只想打印系数表,并使其显示如下:

 >summary(lm(Sepal.Length ~ Species, data=iris))
...
Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         5.0060     0.0728  68.762  < 2e-16 ***
Speciesversicolor   0.9300     0.1030   9.033 8.77e-16 ***
Speciesvirginica    1.5820     0.1030  15.366  < 2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
...

我编写了以下输出钩子,它使用块选项,output.lines=并接受一个数字,n,意味着只打印行1:n,有点像head():

  # get the default output hook
  hook_output <- knit_hooks$get("output")

  knit_hooks$set(output = function(x, options) {
    lines <- options$output.lines
    if (is.null(lines)) { …

使用RStudio - > CompilePDF

在使用pdflatex处理的.Rnw文档中,我想获得通过文档中的library()或require()加载的所有用户(me)包的列表.我尝试使用sessionInfo(),如

   \AtEndDocument{
   \medskip
   \textbf{Packages used}: \Sexpr{names(sessionInfo()$loadedOnly)}.
   }

然而,这打印的只是knitr本身使用的包列表,

使用的包:digest,evaluate,formatR,highr,stringr,tools.

不是我明确提到的那些.我相信这是因为knitr在内部环境中运行代码块,但我不知道如何访问它.

我知道使用cache = TRUE创建的文件缓存/ __包; 有没有办法在没有缓存的情况下自动生成它？

在下面的图中,直接标签位置有点垂直调整,但它们在左/右边缘被剪裁.有没有办法避免剪裁(类似xpd=TRUE)或在绘图框中向内调整剪切的标签？

这是这个例子的代码:

library(car)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(directlabels)
library(nnet)

## Sec. 8.2 (Nested Dichotomies)

# transform data

Womenlf <- within(Womenlf,{
  working <-  recode(partic, " 'not.work' = 'no'; else = 'yes' ")
  fulltime <- recode(partic,
    " 'fulltime' = 'yes'; 'parttime' = 'no'; 'not.work' = NA")})

mod.working <- glm(working ~ hincome + children, family = binomial,
                   data = Womenlf)
mod.fulltime <- glm(fulltime ~ hincome + children, family = binomial,
                    data = Womenlf)

predictors <- expand.grid(hincome = 1:50,
                          children = c("absent", "present"))
fit …

在.Rmd文档中，有多种方法可以并排生成图形。如果人物已经存在，对我来说最简单的方法就是使用knitr::include_graphics(c(fig1, fig2, ...))[Thx: Yihui!]

但是当我这样做时，我找不到添加整体图形标题的方法，而在 LaTeX 中可以轻松完成。这是一个例子：

块

```{r, out.width = "30%", echo=FALSE}
# two figs side by side
include_graphics(c("fig/mathscore-data.png",
                   "fig/mathscore-data-ellipses.png"))
```

输出：

如果我将 a 添加fig.cap到块选项，我会得到两个单独的图形，每个图形都有相同的图形标题。

```{r, out.width = "30%", echo=FALSE, fig.cap="Left: scatterplot of mathscore data; Right: Data ellipses for the two groups."}
# two figs side by side
include_graphics(c("fig/mathscore-data.png",
                   "fig/mathscore-data-ellipses.png"))
```

还有其他方法可以做我想要的事情吗——两个并排的子图，有一个共同的标题？

[我的环境:Win 7 Pro/R 3.2.1/knitr_1.12.3/R Studio版本0.99.892]

我正在尝试.Rmd使用R Studio,Knit - > PDF格式撰写文章,我一直关注http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html,详细了解如何获取pandoc和pandoc-citeproc制作参考文献部分和引文中的文字.

我的中文提供参考是在几个不同的.bib文件,这些文件在使用乳胶时.Rnw的文件,都是在发现我的本地texmf目录树下通过

\bibliography{statistics, graphics}

我似乎无法使这项工作pandoc-citeproc.我的YAML标头具有以下内容,适用于一个 .bib文件,只要它与源.Rmd文件位于同一目录中:

    ---
    title: "Notes on Testing Equality of Covariance Matrices"
    author: "Michael Friendly"
    date: '`r format(Sys.time(), "%B %d, %Y")`'
    output:
      pdf_document:
        fig_caption: yes
        keep_tex: yes
        number_sections: yes
    csl: apa.csl
    bibliography: statistics.bib
    ---

根据上面给出的链接中的建议,我试过:

bibliography: [statistics.bib,graphics.bib]

这给了:

pandoc-citeproc.exe: "stdin" (line 50, column 12):
unexpected ":"
expecting letter, …

环境:Win XP,RStudio 0.97.551

我有一个现有的RStudio项目(一本书,使用knitr)我想设置使用github进行版本控制.如果它有任何区别,项目当前存储在Dropbox文件夹中.我熟悉在Ubuntu上使用git/github,但不熟悉Windows或使用RStudio.

我已阅读文档使用版本控制与RStudio,设置我的项目使用git进行版本控制,并创建一个空的github项目,但有一些东西丢失,因为我找不到推送/提交的方法github回购.

在项目 - 项目选项 - SVN/Git我看到正确的远程仓库:git@github.com:friendly/VCDR.git,通过设置

git remote add origin https://github.com/friendly/VCDR.git

在RStudio中,我尝试使用Shell来执行

git push -u origin master

但我明白了

Permission denied (publickey)
fatal: Could not read from remote repository

我通过一些RStudio菜单选项设置了公钥/私钥对,也使用了

git config --global user.name 'Michael Friendly'
git config --global user.email 'friendly@yorku.ca'

我能做些什么来完成这项工作？

[环境:graphviz 2.38/Windows 7]

使用dot,我想生成如下的路径图来表示结构方程模型(嗯,这里,只是一个简单的单因素测量模型).我想在某些节点和边缘使用希腊字母,如果我可以在点文件中使用类似LaTeX的表示法\ksi,\lambda_1或者更喜欢\delta_1

该图应该代表三个方程

\begin{eqnarray*}
x_{1i} & = & \lambda_1 \xi_{i} + \delta_{1i} \\
x_{2i} & = & \lambda_2 \xi_{i} + \delta_{2i} \\
x_{3i} & = & \lambda_3 \xi_{i} + \delta_{3i} 
\end{eqnarray*}

我最接近的是以下.dot文件kludge,我选择了font ="Symbol"并用他们的罗马等价物替换了希腊字母.

但是,这不适用于dot -TpdfAFAICS或Postscript以外的任何其他设备dot -Tps,给我一个.eps我必须转换为PDF或PNG的文件.

问题:这种情况有什么好处吗？

digraph threevar {
  rankdir=LR;
  size="8,4";
  node [fontname="Helvetica" fontsize=14 shape=box];
  edge [fontname="Symbol" fontsize=10];
  center=1;
  {rank=min k }
  {rank=same X1 X2 X3 }
  {rank=max z1 z2 z3 }
  z1 [shape=circle …

问题:如何使用boostrap来获得在协方差矩阵的特征值上计算的统计数据的置信区间,分别针对数据框中的每个组(因子级别)？

问题:我无法确定我需要包含适合该boot函数的这些结果的数据结构,或者是一种在组中"映射"引导程序并以适合绘图的形式获得置信区间的方法.

上下文:在heplots包中,boxM计算协方差矩阵相等的Box的M检验.有一种绘图方法可以生成进入此测试的对数决定因素的有用图.该图中的置信区间基于渐近理论近似.

> library(heplots)
> iris.boxm <- boxM(iris[, 1:4], iris[, "Species"])
> iris.boxm

        Box's M-test for Homogeneity of Covariance Matrices

data:  iris[, 1:4]
Chi-Sq (approx.) = 140.94, df = 20, p-value < 2.2e-16

> plot(iris.boxm, gplabel="Species")

绘图方法还可以显示特征值的其他函数,但在这种情况下没有可用的理论置信区间.

op <- par(mfrow=c(2,2), mar=c(5,4,1,1))
plot(iris.boxm, gplabel="Species", which="product")
plot(iris.boxm, gplabel="Species", which="sum")
plot(iris.boxm, gplabel="Species", which="precision")
plot(iris.boxm, gplabel="Species", which="max")
par(op)

因此,我希望能够使用boostrap计算这些CI,并将其显示在相应的图中.

我尝试过的:

下面是提升这些统计数据的函数,但对于总样本,不考虑group(Species).

cov_stat_fun <- function(data, indices, 
            stats=c("logdet", "prod", "sum", "precision", "max")
            ) …

我pkgdown向我的包中添加了一个站点vcdExtra，但无法弄清楚如何控制由 pkgdown 构建的主页上显示的包十六进制徽标的大小，https://friend.github.io/vcdExtra/index.html

该README.md文件包含一行以 200 像素插入图像

# vcdExtra <img src="man/figures/vcdExtra-logo.png" align="right" height="200" />

在 GitHub 上出现如下所示

pkgdown然而，当由index.html构建页面时，它看起来像这样，忽略了该height =属性。我怎样才能解决这个问题？我查看了其他网站的来源pkgdown，没有看到任何实质性的不同。