小编Stu*_*nce的帖子

我有2个python脚本a.py和b.py,我想编写一个bash脚本,它将加载a.py而不是运行b.py,直到a.py完成它为止.简单地

#!/usr/bin/env bash
python a.py
python b.py

但这很天真,检查a.py是否已完成......我该怎么做？

我希望能够通过分层集群"遍历"(迭代)(参见下图和代码).我想要的是:

1. 采用矩阵和最小高度的函数.在这个例子中说10.

   splitme <- function(matrix, minH){
       ##Some code
   }
   

   Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

2. 从顶部minH开始,每当有新的分割时开始切割.这是第一个问题.如何检测新的分裂以获得高度h.

3. 在这个特殊情况下h,有多少个集群？检索群集

   mycl <- cutree(hr, h=x);#x is that found h
   count <- count(mycl)# Bad code
   

   Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

4. 保存每个新矩阵的变量.这是另一个艰难的,x new矩阵的动态创建.所以也许一个带集群的函数做了需要做的事情(比较)并返回一个变量??

5. 继续3和4直到minH达到

数字

码

# Generate data
set.seed(12345)
desc.1 <- c(rnorm(10, 0, 1), rnorm(20, 10, 4))
desc.2 <- c(rnorm(5, 20, .5), rnorm(5, 5, 1.5), rnorm(20, 10, 2))
desc.3 <- c(rnorm(10, 3, .1), rnorm(15, 6, .2), rnorm(5, 5, .3))

data <- cbind(desc.1, desc.2, desc.3)

# Create dendrogram
d …

下面是我的脚本,它基本上创建了一个填充0的12x8的零矩阵.然后我想逐个填写它.所以说第2列第0行需要是5.我该怎么做？下面的示例显示了我是如何做到这一点以及错误的(对于我的需求)输出:

list_MatrixRow = []
list_Matrix = [] #Not to be confused by what the book calls, optimal alignment score matrix

int_NumbOfColumns = 12
int_NumbOfRows = 8

for i in range (0, int_NumbOfColumns): # Puts Zeros across the first Row
    list_AlignMatrixRow.append(0)
for i in range (0, int_NumbOfRows):
    list_AlignMatrix.append(list_AlignMatrixRow) 
#add the list in another list to make matrix of Zeros
#-------------------THE ACTUAL PROBLEMATIC PART; ABOVE IS FINE(It Works)------------

list_AlignMatrix[2][0] = 5 
# This is what logically makes sense but here is the …

这就是我想做的。我有一个基因名称列表，例如：[ITGB1、RELA、NFKBIA]

查找biopython中的帮助和entrez的API教程我想出了这个：

x = ['ITGB1', 'RELA', 'NFKBIA']
for item in x:
    handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=item ,rettype="gb")
    record = handle.read()
    out_handle = open('genes/'+item+'.xml', 'w') #to create a file with gene name
    out_handle.write(record)
    out_handle.close

但这一直出错。我发现如果 id 是数字 id（尽管您必须将其放入字符串中才能使用，“186972394”），那么：

handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id='186972394' ,rettype="gb")

这让我得到了我想要的信息，其中包括序列。

现在的问题是： 我如何搜索基因名称（因为我没有 ID 号）或轻松地将我的基因名称转换为 id 以获取我拥有的基因列表的序列。

谢谢你，

假设我有一个矩阵,如

[['ID', 'fName', 'lName'],
['A101', 'Mark', 'Smith'],
['A102', 'Jane', 'Smith'],
['A103', 'Mark', 'Twain'],
['A104', 'Ann', 'Lee']]

请注意,有些细胞是''

我需要做的是从这个矩阵创建2个词典:

1. 使用ID作为键,使用fname和lname作为其值
2. 使用lName作为键,ID和fName作为值

我认为这是为让每个列表(因为矩阵是列表的列表),并用它来把它传递给一个字典作为追加一样简单,但我有一个很难写的那部分.

例如,迭代矩阵for i in xrange (0, len(matrix))并i用作标识符,matrix[i]但我不确定这是否正确以及制作这些字典的正确方法是什么.

我有Python 2.7.2

我想在R中复制这个数字,而不是只是数据范围和功能信息的表.问题在于其中一些功能,在R中完成所有这些功能.例如反双曲正弦,......？!谢谢

eq <- function(x) {arcsinh(x)}
tmp <- data.frame(x=1:50, y=eq(1:50))
p <- qplot(x, y, data=tmp, xlab="X-axis", ylab="Y-axis")
c <- stat_function(fun=eq)
print(p + c)

我有一个矩阵（大矩阵），我想遍历各行，如果该行从第二列到末尾（第35行）的每一列都具有全0，则删除该行。对于行中的每个事件，对于列中的特征，这是一个0和1的矩阵。

for (i 1:nrow(myMatrix) {
   keep = False
   for (k 1:ncol(myMatrix) {
      if (mymatrix[i,k] == 1) {
          keep = True
      }
   if (keep == False) {
      row.remove()
    }
}

像上面的东西，……

我有一个Python问题,想象下面的变量x.我想写一个正则表达式,帮助我找到任何重复的单个数字.如1不重复,但2提到两次,3是3次.

x='1234328732'#a string of digits

re.search(r'(\d+).*\1', x).group(1) 

这就是我的想法,但这只是让我回归模式.以上没有返回任何原因,因为没有重复的模式.但如果

x='1231231234' 

它将返回123但重复模式不是我想要的.我想重复数字.因此,对于第一个x,它应该给出2,3,对于第二个x应该给出1,2,3

这是为了学习RE的想法,主要是Thx

所以我的文本文件包含正确格式的数据,它应该在R中的列表中,但它是14 Mb,显然2Mb是一个限制？我需要将此文本文件作为列表加载到R中.

这里有另一篇文章,但该命令(见下文)只是出错了

inlist <- strsplit(readLines("myList.txt"), "[[:space:]]+")

谢谢我的意思是它的样子,因为它在这里是如何开始的

structure(list(inputsTrain = structure(c(-73, -69, -48, 13, -86, -147, -65, -71, -32, 100, -73, -196, -102, 37, 14, 55, ........ 

矩阵A只是一个简单的矩阵,有n行和c列矩阵B只是一个简单的矩阵,有n行和d列

因此,A和B具有相同的行n,但列数不同,但有些列是相同的(列的名称和该列中的值)

我需要创建一个矩阵C,使C只有A和B的相同列.

A和B有colnames(),所以这就是我要做的但是我确信有更快的方法:

for (i in 1:ncol(A)){
    if(colnames(A)[i] == colnames(B)[i]){
        #do magic
    }

}

但这失败了2个地方,A)显然如果位置不同,那么需要"if(colnames(A)[i]在colnames(B)中)"和B)B中不在A中的元素被忽略; 总的来说这是一个糟糕的方法.

我使用的C =交叉(A,B)也不起作用; 它给了我不是我想要的任何建议？

谢谢