小编Nod*_*nin的帖子

我正在使用Python和正则表达式来查找ORF(开放阅读框架).

查找一个子字符串,该字符串仅由字母组成ATGC(不包含空格或新行):

开头ATG,结尾TAG或TAA或TGA并应考虑从第一个字符的序列,那么第二和第三然后:

Seq= "CCTCAGCGAGGACAGCAAGGGACTAGCCAGGAGGGAGAACAGAAACTCCAGAACATCTTGGAAATAGCTCCCAGAAAAGC
AAGCAGCCAACCAGGCAGGTTCTGTCCCTTTCACTCACTGGCCCAAGGCGCCACATCTCCCTCCAGAAAAGACACCATGA
GCACAGAAAGCATGATCCGCGACGTGGAACTGGCAGAAGAGGCACTCCCCCAAAAGATGGGGGGCTTCCAGAACTCCAGG
CGGTGCCTATGTCTCAGCCTCTTCTCATTCCTGCTTGTGGCAGGGGCCACCACGCTCTTCTGTCTACTGAACTTCGGGGT
GATCGGTCCCCAAAGGGATGAGAAGTTCCCAAATGGCCTCCCTCTCATCAGTTCTATGGCCCAGACCCTCACACTCAGAT
CATCTTCTCAAAATTCGAGTGACAAGCCTGTAGCCCACGTCGTAGCAAACCACCAAGTGGAGGAGCAGCTGGAGTGGCTG
AGCCAGCGCGCCAACGCCCTCCTGGCCAACGGCATGGATCTCAAAGACAACCAACTAGTGGTGCCAGCCGATGGGTTGTA
CCTTGTCTACTCCCAGGTTCTCTTCAAGGGACAAGGCTGCCCCGACTACGTGCTCCTCACCCACACCGTCAGCCGATTTG
CTATCTCATACCAGGAGAAAGTCAACCTCCTCTCTGCCGTCAAGAGCCCCTGCCCCAAGGACACCCCTGAGGGGGCTGAG
CTCAAACCCTGGTATGAGCCCATATACCTGGGAGGAGTCTTCCAGCTGGAGAAGGGGGACCAACTCAGCGCTGAGGTCAA
TCTGCCCAAGTACTTAGACTTTGCGGAGTCCGGGCAGGTCTACTTTGGAGTCATTGCTCTGTGAAGGGAATGGGTGTTCA
TCCATTCTCTACCCAGCCCCCACTCTGACCCCTTTACTCTGACCCCTTTATTGTCTACTCCTCAGAGCCCCCAGTCTGTA
TCCTTCTAACTTAGAAAGGGGATTATGGCTCAGGGTCCAACTCTGTGCTCAGAGCTTTCAACAACTACTCAGAAACACAA
GATGCTGGGACAGTGACCTGGACTGTGGGCCTCTCATGCACCACCATCAAGGACTCAAATGGGCTTTCCGAATTCACTGG
AGCCTCGAATGTCCATTCCTGAGTTCTGCAAAGGGAGAGTGGTCAGGTTGCCTCTGTCTCAGAATGAGGCTGGATAAGAT
CTCAGGCCTTCCTACCTTCAGACCTTTCCAGATTCTTCCCTGAGGTGCAATGCACAGCCTTCCTCACAGAGCCAGCCCCC
CTCTATTTATATTTGCACTTATTATTTATTATTTATTTATTATTTATTTATTTGCTTATGAATGTATTTATTTGGAAGGC
CGGGGTGTCCTGGAGGACCCAGTGTGGGAAGCTGTCTTCAGACAGACATGTTTTCTGTGAAAACGGAGCTGAGCTGTCCC
CACCTGGCCTCTCTACCTTGTTGCCTCCTCTTTTGCTTATGTTTAAAACAAAATATTTATCTAACCCAATTGTCTTAATA
ACGCTGATTTGGTGACCAGGCTGTCGCTACATCACTGAACCTCTGCTCCCCACGGGAGCCGTGACTGTAATCGCCCTACG
GGTCATTGAGAGAAATAA"

我尝试过的:

# finding the  stop codon here 

def stop_codon(seq_0):

        for i in range(0,len(seq_0),3):
            if (seq_0[i:i+3]== "TAA" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TAG" and i%3==0) or (seq_0[i:i+3]== "TGA" and i%3==0) :
                a =i+3

                break

            else:
                a = None

# finding the start codon here 

startcodon_find …

我在verefly.com寻求帮助.我开发了这个网站,其中有一个在线主题,并做了必要的更改.我的问题是浏览器从原始大小减少时的导航菜单,不扩展.它应该理想地做到这一点,并在几天前正常运行.

普通网站看起来像这样:

浏览器缩小时,网站看起来有所不同:

在上图中,您将看到导航菜单,但Plus标志不再可点击.它也没有扩大.我无法理解我可以在哪里改变它再次工作.

我将不胜感激任何帮助 .*

*我试图检查辅助菜单是否有问题,但没有明显的*

我试图使用Smith-Waterman算法在Python中实现局部序列比对.

这是我到目前为止所拥有的.它建立相似性矩阵:

import sys, string
from numpy import *

f1=open(sys.argv[1], 'r')
seq1=f1.readline()
f1.close()
seq1=string.strip(seq1)

f2=open(sys.argv[2], 'r')
seq2=f2.readline()
f2.close()
seq2=string.strip(seq2)

a,b =len(seq1),len(seq2)

penalty=-1;
point=2;

#generation of matrix for local alignment
p=zeros((a+1,b+1))

# table calculation and matrix generation
for i in range(1,a+1):
    for j in range(1,b+1):
        vertical_score =p[i-1][j]+penalty;
        horizontal_score= p[i][j-1]+penalty;
        if seq1[i-1]==seq2[j-1]:
            diagonal_score =p[i-1][j-1]+point;
        else:
            diagonal_score = p[i-1][j-1]+penalty;
        p[i][j]=max(0,vertical_score,horizontal_score,diagonal_score);

print p

例如,使用两个序列:

agcacact
acacacta

我的代码输出相似度矩阵:

[[  0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.   0.]
 [  0.   2. …

所以我想学习swift和on按钮动作,我想将一个变量声明为一个整数,它从文本字段中收集值,计算它是否为nil并打印该值.为什么要求我使变量保持不变？

这就是我尝试过的

import UIKit

class ViewController: UIViewController {

    @IBOutlet weak var enterAge: UITextField!
    @IBOutlet weak var catAge: UILabel!

    @IBAction func findAge(sender: AnyObject) {

        var newage = Int(enterAge.text!)

        if newage! == 0
        {

       var catyears = newage! * 7
        catAge.text = "Your cat is \(catyears) in age"
        }

        else
        {

            catAge.text = "Please enter a whole number"
        }

    }
        override func viewDidLoad() {
        super.viewDidLoad()
        // Do any additional setup after loading the view, typically from a nib.
    }

    override func didReceiveMemoryWarning() …