小编Mig*_*gan的帖子

.vcf 数据到 pandas 数据框

如何将此VCF 数据转换为 pandas 数据框?

注意:复制问题不需要完整文件。只需前 50 行(上面要点链接的第一部分)就可以了。

理想情况下,我希望采用以下形式:

在此输入图像描述

到目前为止,我只能获取标题:

import pandas as pd

f = open('clinvar_final.txt',"r")

for line in f.readlines():
    if line[:5] == 'CHROM':
        vcf_header = line.strip().split('\t')

df = pd.DataFrame
df.header = vcf_header
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python data-analysis pandas vcf-variant-call-format

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