小编Exc*_*ttu的帖子

使用biopython库，我想删除列表中列出的残留物，如下所示。该线程（http://pelican.rsvs.ulaval.ca/mediawiki/index.php/Manipulated_PDB_files_using_BioPython）提供了一个去除残留物的示例。我有以下代码来去除残留物

 residue_ids_to_remove = [105, 5, 8, 10, 25, 48]
 structure = pdbparser.get_structure("3chy", "./3chy.pdb")
 first_model = structure[0]
 for chain in first_model:
     for residue in chain:
         id = residue.id
         if id[1] in residue_ids_to_remove:
             chain.detach_child(id[1])
 modified_first_model = first_model 

但这段代码不起作用并引发了错误

def detach_child(self, id):
    "Remove a child."
    child=self.child_dict[id]
    KeyError: '105'

这段代码有什么问题？

或者，我可以使用accept_residue()并将其写入PDB。我不想这样跟踪，因为我想在内存中执行此操作以进行进一步处理。

必须删除 pdb 文件中的杂原子。这是代码，但它不适用于我的测试 PDB 1C4R。

for model in structure:
    for chain in model:
        for reisdue in chain:
            id = residue.id
            if id[0] != ' ':
                chain.detach_child(id)
        if len(chain) == 0:
            model.detach_child(chain.id)

有什么建议吗？