标签: scanpy

我正在尝试使用 Scanpy Python 包来分析一些单细胞数据。我以 Pandas 数据框的形式读取计数矩阵（.tsv 文件），其中基因作为列，行作为不同的细胞。每行包含单个细胞的不同基因的计数。我想从 Pandas 数据框中创建一个 AnnData 对象...有人知道我该怎么做吗？不幸的是，我无法提供数据集。

过去一天我一直在尝试运行本教程（https://bedapub.github.io/besca/tutorials/scRNAseq_tutorial.html ），但在运行这部分后不断出现错误：

bc.pl.kp_genes(adata, min_genes=min_genes, ax = ax1)

错误如下：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/besca/pl/_filter_threshold_plots.py", line 57, in kp_genes
    ax.set_yscale("log", basey=10)
  File "/opt/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 4108, in set_yscale
    ax.yaxis._set_scale(value, **kwargs)
  File "/opt/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/matplotlib/axis.py", line 761, in _set_scale
    self._scale = mscale.scale_factory(value, self, **kwargs)
  File "/opt/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/matplotlib/scale.py", line 597, in scale_factory
    return scale_cls(axis, **kwargs)
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'basey'

有人有什么想法吗？我已经卸载并安装了 matplotlib 以确保其更新，但这似乎也没有做任何事情。

将不胜感激任何帮助！提前谢谢你，我是初学者！