标签: rscript

我想使用该evaluate软件包模拟执行(大量)r脚本,同时使用evaluate记录输出.Evaluate旨在完成这项工作,它几乎可以开箱即用.但是,当使用Rscript时,用户通过命令行传递参数,这些参数--args在R中使用base::commandArgs函数检索.

有没有明智的方法可以覆盖--args正在运行的R会话中的值,以便使用R脚本base::commandArgs()可以按预期工作而无需修改脚本本身？

我lme4在他们的github帐户上使用README.md文件进行安装,但在安装依赖项时失败了.我试图单独安装它们,但仍然在安装minqa包时崩溃.我在RHEL6上使用R/3.0.2.在构建期间,编译器争论RScript不存在,因为我检查它是在R/bin文件夹中.

这是R INSTALL的日志:

$ R CMD INSTALL minqa_1.2.2.tar.gz 
* installing to library ‘/gpfs/apps/x86_64-rhel6/R/3.0.2/R/library’
* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran   -fpic  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bigden.f -o bigden.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c biglag.f -o biglag.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bobyqa.f -o bobyqa.o
gfortran   -fpic  -g -O2  -c bobyqb.f -o bobyqb.o
gfortran   -fpic  -g -O2 …

我试图使用栅格数据包的extract方法从Raster *对象提取值。

RStudioPrompt> jpnpe <- extract(jpnp, jpnb, fun = mean, na.rm = T)

其中jpnp是栅格对象，而jpnb是SpatialPolygonsDataFrame

但是，指示以下错误：

Error in UseMethod("extract_") : 
  no applicable method for 'extract_' applied to an object of class "c('RasterStack', 'Raster', 'RasterStackBrick', 'BasicRaster')"

如何传递此错误？

我有一个名为 df 的数据框：

ColumnA   ColumnB
String1   A
String2   A
String3   B
String4   A
...       ...

ColumnA 中的每个字符串都有不同的长度。如果同一行中 ColumnB == A 中的值，我想将 ColumnA 中的值放在括号中。如果 ColumnB == BI 中的值要添加方括号。所以它看起来像：

ColumnA     ColumnB
(String1)   A
(String2)   A
[String3]   B
(String4)   A
...         ...

实现这一目标的最佳方法是什么？

我开发了一个闪亮的应用程序，其中显示了一些动态图表。这些图表是在执行时根据某些按钮的值生成的。这个闪亮的应用程序从原始csv获取数据，该csv之前已经过处理和转换。除了出色的应用程序外，我还获得了一个Rscript来进行原始数据的所有这些“转换”。我想做的是从闪亮的应用程序调用此Rscript，以便在启动闪亮的应用程序时执行该脚本。

我已经检查了这些链接，但根本没有帮助：如何在R中将R Script与Shiny应用程序连接？而这个在Shiny中使用Source（）。我也检查了Rstudio文档：http ://shiny.rstudio.com/tutorial/lesson5/ 。

我认为应该是这样，RScript是procesadoDatos.R。我只希望源命令在开始时执行，以便在闪亮的应用程序开始时加载数据：

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE)
 shinyServer(function(input, output,session) {
 (renderplots, reactives elements and so on)}

Rscript是server.R和UI.R文件的闪亮项目路径。我也尝试过添加路径，但是它也不起作用。

我尝试过的另一件事是创建一个进行所有转换的函数，然后在采购它之后从server.R文件中调用它：

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE) 
 generate_data(ticketsByService_report10.csv)

在RScript中定义此函数的generate_data：

 generate_data <- function(csv_file) {
 (all those transformation, data frame an so on)}

在所有情况下，我都会遇到相同的错误，即找不到在RScript中生成的数据帧。

有人知道哪里出问题了吗？提前感谢

我正在尝试使用R构建一个docker映像，并且我希望能够以一种清晰易读的方式跨越多行来突破我的软件包安装步骤，但是由于以下原因，bash似乎不喜欢这种方法不知道结尾）在哪里。

有没有办法使这行长代码分成多行？

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor","corrr","officer","devtools","pacman"))'

也许是这样的：

Rscript -e 'devtools::install_cran(c("tidytext","janitor",
                              "corrr","officer","devtools","pacman"))'

这可能与Rscript有关吗？我尝试在每行的末尾使用\，但仍然无法正常工作。

我知道install2.r可以逐行列出软件包，但是我希望有一个向量包，devtools::install_cran如果可能的话，传递给它们。我已经看到其他人只是通过Rscript调用而简单地引用了他们的R脚本，但是我想在Dockerfile中看到我的所有安装步骤，而不是在容器中复制和运行外部R脚本。谢谢你的帮助。

Rscript test.R

我需要使用 WScript.Shell 从 VBA 调用脚本 (R)。文件路径包含空格。此外，还向脚本传递了一系列参数，其中一些还包含空格。

我已经在路径、参数甚至整个字符串周围尝试了所有可能的引号和双引号组合（特别是这里的）。当需要传递参数时，似乎没有任何工作（我要么在命令行中收到“C:\Program” not识别“-或”invalid-syntax“-错误）。

Option Explicit
Private Const QUOTE As String = """"

Sub test()
    Dim WS_Shell As Object
    Set WS_Shell = VBA.CreateObject("WScript.Shell")
    Dim err_code As Long

    Dim path As String
    Dim arg_1 As String
    Dim arg_2_with_spaces As String

    Dim complete_cmd_str As String

    path = "C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\Rscript.exe"
    arg_1 = "F:\path\to\my\script.R"
    arg_2_with_spaces = "A string-arg with spaces"

    complete_cmd_str = "cmd.exe /K " & QUOTE & path & QUOTE & " " _
                    & QUOTE & …

我创建了一个 R 代码脚本：

1. 从数据库读取一些数据
2. 进行一些转变并..
3. 将修改后的表导出到 csv 中。

这段代码需要在客户端的机器上运行，但是我们需要对用户“隐藏”实际的代码。

对于我们如何实现这一目标，有什么有用的建议吗？

我从官方 cran 网站安装了 R，我可以从 Rstudio 运行 R，但是当我尝试从终端使用 R 时，我得到以下结果：

(base) ege@Eges-MBP ~ % R  
zsh: command not found: R
(base) ege@Eges-MBP ~ % RScript 
zsh: command not found: RScript

如何在我的 Mac 上启用命令 R 并从终端运行 RScript？

我创建了一个R脚本,它首先需要加载一些库.

问题是脚本需要1.6秒才能完成计算(使用Linux命令"time"多次测量),0.7秒只需加载库!

该脚本经常运行,因此库加载的延迟几乎占实际工作负载的80%!

有没有办法预先加载库,以便每次脚本运行时都不会加载它们？

任何其他建议绕过这种缓慢？

#!/usr/bin/Rscript

library(methods, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(MASS, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(RBGL, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(igraph, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(bnlearn, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(gRbase, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
library(gRain, quietly=TRUE, warn.conflicts = FALSE)
..
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