在R会话中设置--args的值

Question

我想使用该evaluate软件包模拟执行(大量)r脚本,同时使用evaluate记录输出.Evaluate旨在完成这项工作,它几乎可以开箱即用.但是,当使用Rscript时,用户通过命令行传递参数,这些参数--args在R中使用base::commandArgs函数检索.

有没有明智的方法可以覆盖--args正在运行的R会话中的值,以便使用R脚本base::commandArgs()可以按预期工作而无需修改脚本本身？

Answer 1

这是@spacedman的答案,作为一个简单的基于Rcpp的实现.我们必须在矢量上做一些体操才能使它变成char**格式:

#include "Rcpp.h"
#include "R_ext/RStartup.h"

// [[Rcpp::export]]
void setCmdArgs(std::vector<std::string> x) {
  std::vector<char*> vec(x.size());
  for (unsigned int i=0; i<x.size(); i++) 
    vec[i] = const_cast<char*>(x[i].c_str());
  R_set_command_line_arguments(x.size(), static_cast<char**>(&(vec[0])));
}

/*** R
setCmdArgs(c("hello", "world"))
commandArgs()
setCmdArgs(c("good", "bye", "my", "friend"))
commandArgs()
*/

如果将其保存在文件中并通过一次调用将其拉入sourceCpp(),则底部的R片段也会执行:

R> sourceCpp("/tmp/spacedman.cpp")

R> setCmdArgs(c("hello", "world"))

R> commandArgs()
[1] "hello" "world"

R> setCmdArgs(c("good", "bye", "my", "friend"))

R> commandArgs()
[1] "good"   "bye"    "my"     "friend"
R> 

Answer 2

我深入研究了R的内脏,想出了一些臭臭的肠子.

命令行从C的argc/argv复制到源代码中具有此函数的全局C变量:

void R_set_command_line_arguments(int argc, char **argv)

所以我们需要一个小的C包装器来绕过第一个参数不是指针的事实:

#include "R.h"
#include "R_ext/RStartup.h"
void set_command(int *pargc, char **argv){
  R_set_command_line_arguments(*pargc, argv);
}

以通常的方式编译:

R CMD SHLIB setit.c

加载,调用:

> dyn.load("setit.so")
> commandArgs()
[1] "/usr/lib/R/bin/exec/R"
> invisible(.C("set_command",as.integer(2),c("Foo","Bar")))
> commandArgs()
[1] "Foo" "Bar"

从那时起commandArgs()将返回该向量,直到你改变它.