标签: rcpp

我想使用Rcpp来提高我的一些R代码的速度.但是,我对C++的了解很少.因此,我检查了Rcpp提供的文档以及Dirk Eddelbuttel网站上提供的其他文档.在阅读完所有内容之后,我尝试执行一个我在R中写的简单循环.不幸的是,我无法做到.这是R函数:

Inverse Wishart

beta = matrix(rnorm(15),ncol=3)

a = rnorm(3) 

InW = function(beta,a) {

    n = nrow(beta)
    p = ncol(beta)
    I = diag(rep(1,times = p))
    H = matrix(0,nrow=p,ncol=p)
    for(i in 1:n){
    subBi = beta[i,]
          H = H + tcrossprod(a - subBi)
        }
    H = H + p * I

    T = t(chol(chol2inv(chol(H))))
    S = 0
    for(i in 1:(n+p)){
        u <- rnorm(p)
        S = S + tcrossprod(T %*% u)
        }
    D = chol2inv(chol((S)))
    ans = list(Dinv = S,D=D)
}

我真的很感激,如果有人可以帮助我,因为它将成为学习Rcpp的起点.

#include "rtest.h"
#include <iostream>

SEXP rcpp_hello_world ()
{
    using namespace Rcpp ;
    CharacterVector x = CharacterVector::create( "foo", "bar" );
    NumericVector y   = NumericVector::create( 0.0, 1.0 );
    List z                   = List::create (x, y);

    return z;
}

void funcA ()
{
    std :: cout << "\nsdfsdfsdf\n";
}

int main () {return 0;}

如何 在上面的代码中放置
library(RgoogleMaps)
和
png (filename="Rg.png", width=480, height=480)
内部？

我把它当作: R CMD SHLIB rtest.cpp

> sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8 …

我正在使用共享内存(由C提供的shmget系统调用)从RCpp程序内部分配共享内存.这里因为我没有使用与R的内存管理相关的标准Calloc功能,我应该注意哪些危险？R的内存管理是否会将shmget分配的空间视为可用空间并尝试过度写入任何内容？如果是这种情况,可以采取哪些措施来避免这种情况？

谢谢Vineeth

我有以下cpp函数,并希望在R中编写它

我使用rcpp包编译并使用它但发生了一些错误

实际上我在R中使用指针时遇到问题

      void creationPI(double *distC, int mC, int tailleC, double *PIC,int aC)
    //distC: distribution de X ; mC= smax-smin+1 ie u+v+1; tailleC=a+1; PIC la matrice PI comme resultat
    {

    double *f;//=NULL;  /*f(k)=P[X<=k]*/
    int t1,k,b,c,l;
    int top_un,top_deux;
      //FILE *matrix;

    t1=2*(aC-1)+1;   // taille du vecteur des f ca va de 1-a à a-1 ; k va de [0 à 2*(a-1)]


    /* ALLOCATION DES MATRICES*/
      //if (!(f = (double *)calloc(t1, sizeof(double))))
         //exit(ALLOC_ERROR);
    f = (double *)calloc(t1, sizeof(double));


    /* CREATION DES f */ …

在Rcpp中以数字方式计算以下内容的最佳方法是什么？

exp(-1500)/(exp(-1500)+exp(-1501))

在许多情况下,计算可能需要多精度(对于exp),但最终结果可以舍入到通常的double.

通过quadmath？通过提升？

如果你留在R(在Rcpp之外),那里有非常舒适的包装工作:

library(Rmpfr)

a = mpfr(-1500,100)
b = mpfr(-1501,100)

exp(a)/(exp(a)+exp(b))

但是如何使用rcpp访问？

我使用滚动加权移动平均函数,其代码如下所示.它通过Rcpp用C++编写.此功能适用于大多数时间系列,没有循环问题或类似的东西.我在下面提供了一系列长度为2的系列,有时会触发致命错误.我找不到错误的原因.

谢谢你的帮助!=)

这是R代码:

# Install packages
sourceCpp("partialMA.cpp")
spencer_weights=c( -3, -6, -5, 3, 21, 46, 67, 0, 67, 46, 21, 3, -5, -6, -3)
spencer_ma <- function(x) roll_mean(x,spencer_weights)

x=c(11.026420323685528,0.25933761651337001)
spencer_ma(x) # works
for(i in 1:1000) spencer_ma(x) # triggers the fatal error 

我在下面包含了我的roll_mean函数的C++代码:

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector roll_mean(const NumericVector& x,
                        const NumericVector& w) {

  int n = x.size();
  int w_size = w.size();
  int size = (w_size - 1) / 2;

  NumericVector res(n);
  int i, ind_x, ind_w;

  double w_sum …

我有输入向量,如:

x1 <- c('NA', 'NA', 'NA')
x2 <- c(NA, NA, NA)

我想测试(没有循环),如果这些向量包含NA值或字符值.

我在尝试:

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo(NumericVector x) {

    if (all(is_na(x)) || (x == NA_STRING))
    {
        Rcout << "NA";
    }

  return x * 2;
}


/*** R
x1 <- c('NA','NA','NA')
x2 <- c(NA,NA,NA)
timesTwo(x1)
timesTwo(x2)
*/

但它让我失望:

passing 'const LHS_TYPE {aka const Rcpp::sugar::SingleLogicalResult....discards qualifiers

我知道错误来自于我必须使用x作为字符串向量并访问每个元素x(1) == NA_STRING.

所以,我想让x作为一个数字向量,但检查它是否是一个字符向量,就像在R中:

all(is.character(x)

我想"width"在Rcpp中获得一个选项(例如)的值.我试过了:

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int test_option() {

  Environment base("package:base");
  Function get_option = base["getOption"];
  return get_option("width");
}

// [[Rcpp::export]]
int test_option2() {

  Environment base("package:base");
  Function get_option = base["options"];
  List l_width = get_option("width");
  return l_width[1];
}

第一个函数不编译,第二个函数崩溃会话.

知道怎么做吗？

我正在尝试在Rcpp中实现命名列表调用

在R

b<-list("bgroups"=c(1,1,1,1,0,0,0,0))
> b$bgroups
[1] 1 1 1 1 0 0 0 0

cppFunction(
  "
NumericVector split(Rcpp::List & b){
  Rcpp::NumericVector c= b['bgroups'];
  return c;
}")

split(b)

但这导致我的R会话中止.

我正试图实现这个程序,如Dirk的一个演示中所示,但我遗漏了一些东西.

这是我的问题的延伸

我正在尝试用Rcpp编写R包。除发出的警告外，一切都正常R CMD check my_package。

Status: 1 WARNING
checking for missing documentation entries ... WARNING
Undocumented code objects:
  ‘shiny_function’
All user-level objects in a package should have documentation entries.

这shiny_function是用C ++实现的，并使用Rcpp属性导出

// [[Rcpp::export]]
int shiny_function(int arg) {
  return arg;
}

问题是，我想“重命名”它shiny.function出口至R时，所以R/shiny_function.R我有

shiny.function <- function(arg) {
  .Call("_my_package_shiny_function", arg)
}

收到此警告后，我进行了修改NAMESPACE，exportPattern("^[^_]+")以尝试避免导出名称中带有下划线的函数，但该警告仍然存在。

如何“重命名”用C ++编写的Rcpp函数？