在我的 Snakemake 项目中，我有一个 config.yaml 文件，它允许用户运行或不运行管道的某些步骤，例如：

DEG : 
   exec : True

因此，在 Snakefile 中，我包含了与 DEG 相关的规则：

if config["DEG"]["exec"]:
   include: "rules/classic_mapping.smk"
   include: "rules/counts.smk"
   include: "rules/run_DESeq2.smk"

问题是，现在我想在“all”规则中动态指定输出文件，以便Snakemake知道根据用户输入的参数生成哪些文件。例如，我想按如下方式进行：

rule all:   
   input:
       if config["DEG"]["exec"]:
          "DEG/DEG.txt"
       if config["DTU"]["exec"]:
          "DTU/DTU.txt" 

但它不起作用：如果在规则定义中，则 Unexpected 关键字的第 58 行出现 SyntaxError (Snakefile，第 58 行)

我需要外部观点来找到替代方案，因为 Snakemake 不应该以这种方式工作

提前致谢

这是我关于 pipelines.yml 文件的问题。首先，我使用 Elasticsearch 6.6 和 Logstash 6.2.2。两者都安装在我自己的 Google Cloud 帐户的虚拟机中（不是 ELK 提供的，而是安装在我自己的 GCP 帐户中的托管中）。我有 3 个文件夹，其中包含来自 IoT 设备的日志文件，只想将它们同时注入到 3 个相应的索引中，因此我在logstash/config 路径中​​创建了一个 pipelines.yml 文件，其中包含以下内容：

-pipeline.id: pipeline1
 path.config: "/config/p1/logstash-learning.conf"
 pipeline.workers: 1
-pipeline.id: pipeline2
 path.config: "/config/p2/logstash-groundtruth.conf"
 pipeline.workers: 1
-pipeline.id: pipeline3
 path.config: "/config/p3/logstash-fieldtest.conf"
 pipeline.workers: 1

因此，当我使用命令 ./bin/logstash 运行logstash（使用此命令我们告诉 Logstash 加载默认文件 pipelines.yml，对吗？）时，我收到下面的错误消息，但我无法弄清楚为什么会发生这种情况。请注意，pipelines.yml 具有完全的可访问权限。

jruby: warning: unknown property jruby.regexp.interruptible
Sending Logstash's logs to /home/evangelos/logstash-6.2.2/logs which is now configured via log4j2.properties
[2019-12-17T16:36:43,877][INFO ][logstash.modules.scaffold] Initializing module {:module_name=>"netflow", :directory=>"/home/evangelos/logstash-6.2.2/modules/netflow/configuration"}
[2019-12-17T16:36:43,933][INFO ][logstash.modules.scaffold] Initializing module {:module_name=>"fb_apache", :directory=>"/home/evangelos/logstash-6.2.2/modules/fb_apache/configuration"}
ERROR: Failed to …

我的 GitLab 管道有一点问题。
我想使用计划规则运行手动作业，或者找到一种方法在我的作业中运行计划管道而无需重写管道。

正如您在示例中看到的，我有 2 个第一份工作标记为工作。一种是手动的，一种是计划的。我的问题是，如果我运行计划的工作流程，AC 测试将不会启动，如果我尝试按计划的规则运行 FirstJob ，它不会因为when: manual部分而启动。

这是我的例子：

stages:
    - firstjob
    - test
    - build
    - deploy

FirstJob:
    stage: firstjob
    script:
        - echo "Hello Peoples!"
        - sleep 1
    when: manual
    allow_failure: false

FirstJobSchedule:
    stage: firstjob
    script:
        - echo "Hello Scheduled Peoples!"
        - sleep 1
    only: 
        - schedule
    allow_failure: false

AC-test:
    needs: [FirstJob]
    stage: test
    script:
        - echo "AC Test is running"
        - sleep 10

ProdJobBuild:
    stage: build
    needs: [AC-test]
    script:
        - …

您好，我是 github actions 的新手，我正在尝试使用 Github action 创建 CICD pipline。我正在使用数字海洋水滴作为我的服务器，并且我正在尝试创建一个跑步者，如 github->settings->actions 中所述

当我写下以下命令时 ./config.sh --url https://github.com/basobaasnepal/BasobaasWeb --token DFGFSDF234sf3fg45hd

我得到了这个： 不能使用 sudo 运行

我尝试将 root 用户更改为非 root 用户，但没有成功。我也尝试export {AGENT_ALLOW_RUNASROOT="1"}过

我编写了一个使用四个参数和四个参数集的函数。第一个参数$Path未分配给集合，因此属于所有集合。它也是强制性的，并且是唯一可以从管道传递的参数。但是，当我在管道末尾调用函数时使用其他三个参数的某些组合（所有这些参数都属于四组的某些组合）执行此操作时，我收到一条错误，指示该组不明确。

这是我的功能：

function Foo-Bar {
    [CmdletBinding(DefaultParameterSetName = 'A')]

    param (
        [Parameter(Mandatory = $true,
            ValueFromPipeline = $true)]
        [ValidateNotNullOrEmpty()]
        [string[]] $Path,

        [Parameter(ParameterSetName = 'A')]
        [Parameter(ParameterSetName = 'A-Secure')]
        [Switch] $OutputToConsole,

        [Parameter(Mandatory = $true,
            ParameterSetName = 'B')]
        [Parameter(Mandatory = $true,
            ParameterSetName = 'B-Secure')]
        [int] $OutputMode,

        [Parameter(Mandatory = $true,
            ParameterSetName = 'A-Secure')]
        [Parameter(Mandatory = $true,
            ParameterSetName = 'B-Secure')]
        [Switch] $Login
    )

    $PSCmdlet.ParameterSetName
}

所有可能的参数组合如下：

PS C:\> Foo-Bar -Path "C:\Test.jpg"
A
PS C:\> Foo-Bar -Path "C:\Test.jpg" -OutputToConsole
A
PS C:\> Foo-Bar -Path "C:\Test.jpg" -OutputToConsole …

由于使用 -Recurse 标志时，Get-ChildItem 的 -Exclude 参数不会对子文件夹进行过滤，因此请参阅使用 get-childitem-exclude-parameter-in-powershell 中的其他无法排除目录的内容

但 -Exclude 参数可用于过滤掉根级别的文件夹

我写了自己的递归函数：

function Get-ChildItem-Recurse() {
    [cmdletbinding()]
    Param(
      [parameter(ValueFromPipelineByPropertyName = $true)]
      [alias('FullName')]
      [string[]] $Path,
      [string] $Filter,
      [string[]] $Exclude,
      [string[]] $Include,
      [switch] $Recurse = $true,
      [switch] $File = $false
    )

    Process {
      ForEach ( $P in $Path ) {
        Get-ChildItem -Path $P -Filter $Filter -Include $Include -Exclude $Exclude | ForEach-Object {
        if ( -not ( $File -and $_.PSIsContainer ) ) {
          $_
        }
        if ( $Recurse -and $_.PSIsContainer ) {
          $_ …

我有个问题。我想使用StandardScaler()，但我的数据集包含某些值和其他不应缩放的OneHotEncoding值。但如果我正在运行，所有值都会缩放。那么是否可以选择仅对管道内的某些值运行此方法？StandardScaler()

columns = ['rank']
columns_to_scale  = ['gre', 'gpa']

scaler = StandardScaler()
ohe    = OneHotEncoder(sparse=False)

# Concatenate (Column-Bind) Processed Columns Back Together
processed_data = np.concatenate([scaled_columns, encoded_columns], axis=1)

from sklearn.base import BaseEstimator, TransformerMixin
class StandardScaler_with_certain_features(BaseEstimator, TransformerMixin):
    def __init__(self, columns_to_scale):
        scaler = StandardScaler()
        

    def fit(self, X, y = None):
        scaler.fit(X_train) # only std.fit on train set
        X_train_nor = scaler.transform(X_train.values)

    def transform(self, X, …