标签: nipype

我有一个 T1 图像 (NIFTI)，已经对齐，尺寸为 121 x 145 x 121。
该图像由 nibabel 加载。体素尺寸为 1.5 x 1.5 x 1.5 毫米。
我想将其下采样为分辨率为 2.0 x 2.0 x 2.0 毫米的图像并保持图像对齐。

我对 MRI 图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我怎么做 ？如果您知道任何其他可以做到这一点的 Python 库，它也可以工作。

我有以下奇点容器配方：

#!/bin/bash

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

%labels
  Version v1.0

%post
  # Install nano
  apt-get update
  apt-get install nano

  # Set up Python environment
  CONDA_ENV=/opt/conda/bin
  export PATH=$CONDA_ENV:$PATH
  chmod -R 777 $CONDA_ENV

  # Activate conda environment
  conda activate neuro
  conda install seaborn
  pip install pybids

我用 Singularity 构建容器，如下所示：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项的安装和大部分构建都进展顺利，直到我遇到错误source not found。重申一下这个问题和我所尝试过的：

• 我正在根据食谱构建 Nipype 图像。在 %post 中，我想将两个额外的软件包（seaborn 和 pybids）安装到“neuro”conda 环境中。
• 但是，当我尝试激活 %post 中的神经环境（“源激活神经”）时，我不断收到一条错误消息，指出未找到命令“源”。
• 我想使用 bash 运行 %post 中的命令，但不确定在哪里指定它。