从 Nipype docker 镜像 CommandNotFound 构建奇点配方

Question

我有以下奇点容器配方：

#!/bin/bash

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

%labels
  Version v1.0

%post
  # Install nano
  apt-get update
  apt-get install nano

  # Set up Python environment
  CONDA_ENV=/opt/conda/bin
  export PATH=$CONDA_ENV:$PATH
  chmod -R 777 $CONDA_ENV

  # Activate conda environment
  conda activate neuro
  conda install seaborn
  pip install pybids

我用 Singularity 构建容器，如下所示：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项的安装和大部分构建都进展顺利，直到我遇到错误source not found。重申一下这个问题和我所尝试过的：

• 我正在根据食谱构建 Nipype 图像。在 %post 中，我想将两个额外的软件包（seaborn 和 pybids）安装到“neuro”conda 环境中。
• 但是，当我尝试激活 %post 中的神经环境（“源激活神经”）时，我不断收到一条错误消息，指出未找到命令“源”。
• 我想使用 bash 运行 %post 中的命令，但不确定在哪里指定它。

Answer 1

问题归结于您激活环境的方式。通常，你会这样做：

source /opt/conda/bin/activate neuro

但如果 Singularity 容器帖子是在 shell (sh) 环境中构建的，则预计您将找不到该source命令。相反，你想做的是：

. /opt/conda/bin/activate neuro

然后你就不需要大惊小怪了$PATH。您也不需要在文件顶部指定解释器。所以整个食谱应该是这样的：

Bootstrap: docker
From: nipype/nipype:latest

# This is the adjusted (fixed) build recipe for the issue above.
# sudo singularity build swist Singularity.swist

%labels
    Version v1.0

%environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro

%post
    # Install nano
    apt-get update && apt-get install -y nano

    # Install into conda environment
    . /opt/conda/bin/activate neuro &&
    /opt/conda/bin/conda install --name neuro -y seaborn &&
    /opt/conda/envs/neuro/bin/pip install pybids

然后用法是：

sudo singularity build swist Singularity.swist

singularity/swist_fmri_image>   . /opt/conda/bin/activate neuro

(neuro) Singularity swist:~/swist-> python
Python 3.6.5 | packaged by conda-forge | (default, Apr  6 2018, 13:39:56) 
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import seaborn
>>> import bids
>>>

我已经把这件事的全部记录概括为要点

有用的调试技巧

这里有一些有用的调试技巧！我解决上述问题的方法是进行构建，用 conda 注释掉触发错误的最后几行。然后我可以构建一个可写沙箱：

sudo singularity build --sandbox swist-box Singularity.swist

并以可写方式写入外壳。这将允许我进行更改和测试。

sudo singularity shell --writable swist-box
$ whoami
root

由于容器具有可写性，这意味着更改将持续存在，因此您可以退出 root 身份，然后在用户空间中进行编辑以测试您的 root 更改是否确实解决了问题！

singularity shell swist-box
$ whoami
neuro

然后，当您认为一切正常时，删除映像并从头开始构建并进行测试。

rm -rf swist-box swist
sudo singularity build swist Singularity.swist