标签: nibabel

我有一个 T1 图像 (NIFTI)，已经对齐，尺寸为 121 x 145 x 121。
该图像由 nibabel 加载。体素尺寸为 1.5 x 1.5 x 1.5 毫米。
我想将其下采样为分辨率为 2.0 x 2.0 x 2.0 毫米的图像并保持图像对齐。

我对 MRI 图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我怎么做 ？如果您知道任何其他可以做到这一点的 Python 库，它也可以工作。

我正在与 Nibabel 一起阅读一些 .nii 文件。我遇到了不同的示例，其中一些使用 get_data() 函数，而另一些则使用 get_fdata() 函数。我找不到他们的文档（nibabel manuel）中有什么区别。谁能解释一下吗？

提前致谢。

从这个问题如何将 Nifti 文件转换为 Numpy 数组？，我创建了一个 nifti 图像的 3D numpy 数组。我对这个数组做了一些修改，比如我通过添加零填充来改变数组的深度。现在我想将此数组转换回 nifti 图像，我该怎么做？

我试过：

imga = Image.fromarray(img, 'RGB')
imga.save("modified/volume-20.nii")

但它不识别nii扩展名。我也试过：

nib.save(img,'modified/volume-20.nii')

这也不起作用，因为如果我想使用功能img必须是。在上面的两个例子中都是一个 3D numpy 数组。nibabel.nifti1.Nifti1Imagenib.saveimg

我有一个 nifti 文件1.nii.gz

现在，我从来没有处理过 nifti 文件。

所以，只要使用这个软件打开它，我就意识到 nii.gz 是一种包含3 个二维图片数组的容器。事实上，如果我滚动鼠标，我可以看到图片中标记为 1 的“方向”的 448 个 2d 图片、“方向”2 的 448 个 2d 图片和“方向”3 的 25 个 2d 图片。

之后，我打开 shell，尝试将 nii.gz 与 Nibabel 库一起使用

import nibabel as nib
img = nib.load(1.nii.gz)

但是，如果我输入

img.shape

我得到 (448,448,25) 结果，所以看起来这个 .nii.gz 是一个 3d 矩阵，而不是一个包含 3 个 2d 图片数组的容器。你能解释一下吗？

我已经使用 nibabel 工具加载了 nifti 图像文件，并且使用了一些属性。\n但我不知道\xe2\x80\x99t 不知道如何计算单个体素的体积（以 mm\xc2\xb3 为单位）。