标签: gtsummary

我正在尝试将 {gtsummary} 表（特别是tbl_regression()输出）输出为图像。我在用kableExtra::as_image()但结果不是很漂亮。下面是一个reprex，但我没有发布图片的声誉。

有没有办法以编程方式获取tbl_regression()输出图像？在{gtsummary} github 站点上，自述文件中有非常漂亮的表格图像，但我不确定它们是手动创建的还是使用代码创建的，因为我没有看到任何提取它们的函数。

library(gtsummary)
library(kableExtra)

m_linear <-
    lm(mpg ~ cyl, data = mtcars)

gtsummary::tbl_regression(m_linear) %>%
    gtsummary::as_kable() %>%
    kableExtra::as_image(file = "t.png")

^{由reprex 包(v0.3.0)于 2020 年 3 月 18 日创建}

如何删除 gtsummary 表中的特定脚注。例如，我想删除脚注2 Wilcoxon rank sum test; Pearson's Chi-squared test但保留另一个。

library(gtsummary)
library(dplyr)

trial[c("age", "grade", "trt")] %>%
  tbl_summary(by = trt, missing = "no") %>%
  add_p()

我只想为百分比列添加小数

#分离列库(gtsummary) 库(tidyverse)

tbl <- 
  c("{n}", "{p}%") %>%         # iterate over these two statistics
  # build tbl_summary using each of the stats
  map(
    ~trial %>% 
      select(response, grade) %>% 
      tbl_summary(
        statistic = all_categorical() ~ .x,
        missing = "ifany",
    digits = list(
      all_categorical() ~ 1,
      all_continuous() ~ 0
    ),
    missing_text = "(Missing)"
      ) 
  ) %>%
  # merge the two tables together
   tbl_merge() %>%
  # some formatting to make it cute
  modify_spanning_header(everything() ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA) %>%
  modify_header(list(stat_0_1 ~ "**n / …

当我尝试使用 add_p() 函数获取 by 变量（有 10 个级别）和有两个级别的分类变量（是/否）之间差异的 p 值时，出现以下错误。我不确定如何提供可重现的示例。根据试验数据，我想象我的变量将是具有 10 个级别的“T 阶段”变量，分类变量将是：(1)“化疗治疗”具有 2 个级别，(2)“化疗治疗 2”具有 4 个级别水平。但这是我运行的代码。

library(gtsummary)
library(tidyverse)
miro_def %>% 
  select(mheim, age_dx, time_t1d_yrs, gender, collard, fhist_pandz) %>% 
  tbl_summary(by = mheim, missing = "no",
              type = list(c(gender, collard, fhist_pandz, mheim) ~ "categorical"),
              label = list(gender ~ "Gender", 
                           fhist_pandz ~ "Family history of PD", 
                           age_dx ~ "Age at diagnosis", 
                           time_t1d_yrs ~ "Follow-up(years)")) %>% 
  add_p() %>% 
  # style the output with custom header 
  #modify_header(stat_by = "{level}") %>% 
  # convert to …

是否可以在闪亮的应用程序中使用 {gtsummary} 呈现表格？

library(gtsummary)
# make dataset with a few variables to summarize
iris2 <- iris %>% select(Sepal.Length,  Sepal.Width, Species)

# summarize the data with our package
table1 <- tbl_summary(iris2)
table1

在闪亮的应用程序中：->

shinyApp(
ui = fluidPage(
  fluidRow(
    column(12,
      tableOutput('table')
    )
  )
),
server = function(input, output) {
  output$table <- renderTable(table1)
})  

谢谢你。

我有一个有四个结果的因变量。我使用 mlogit 包进行多项逻辑回归。

当我尝试使用 gtsummary 包呈现结果时，我的多项逻辑回归结果彼此堆叠（请参见下面的代码和表格）。

无论如何，是否可以仅使用一组级别标签将结果并排放在一行中，而不是像下表一样彼此堆叠？

# load packages
library(gtsummary)
library(nnet)

# dummy data 
crime <-data.frame(city = sample(c("SF", "AR", "NYC","MN"),13000,replace = TRUE),
                   year = sample(as.factor(c(1990, 2000, 1999, 1989)),13000,replace = TRUE)
                   )

# multinom model tabulated with gtsummary  
multinom(city ~ year, data = crime) %>%
  tbl_regression(exponentiate = T)

我正在使用包gtsummary创建一个表格，我想用“-”而不是“0 (0%)”替换空单元格中的值。

这可能吗？

我得到的表格的一个例子可以在这里看到：

library(gtsummary)

data <- data.frame(letter = c(rep("a", times = 3), rep("b", times = 3)),
                   value = c(rep(1, times = 3), rep(2, times = 3)))

data %>% tbl_summary(by = value)

亲切的问候 马蒂亚斯

我用来tbl_merge将多个回归模型添加在一起并将它们呈现在一个表中，但理想情况下希望能够在表底部呈现每个模型的 R2、F 统计量和 N，就像您可以做的那样对于单个模型的情况add_glance_source_note。是否有捷径可寻？

我有如下数据集

> head(n2)
# A tibble: 6 x 4
  Pain  Redness Swelling Tiredness
  <fct> <chr>   <chr>    <chr>    
1 Yes   No      No       Yes      
2 No    No      No       No       
3 Yes   No      No       Yes      
4 Yes   No      Yes      Yes      
5 No    No      No       No       
6 No    No      No       No        

我正在尝试使用 gtsummary 包制作一个汇总表。但在汇总表中，它没有显示或变量Pain的“是”/“否”级别，而只是显示每列的计数。有人可以帮忙显示表中的“是”/“否”级别吗RednessSwellingYes

在下面的数据框中，g 变量有两个级别，但是 tbl_summary() 没有显示其级别。

data.frame(a=c(0,1,2),
           
           b=c(0,1,2),
           
           f=c("m", "f", "m"),
           
           g = c("Yes", "No", "Yes"),
           
           output = c(0,1,0)) %>%
  
  tbl_summary(by=output)

  a b f   g output
1 0 0 m Yes      0
2 1 1 f  No      1
3 2 2 m Yes      0

我尝试遵循R gtsummary 包并没有在汇总表中显示因子级别，但不幸的是我无法解决这个问题。我会很感激任何提示或帮助吗？

我正在尝试创建一个患者特征表（表 1），该表有效，但由于我的“by”变量有 10 个类别，因此它会溢出 PDF 页面。

我尝试截断类别名称，并将页面布局更改为横向，但 1 个类别仍然不在页面上。

您能告诉我如何解决这个问题吗？

有没有办法可以打印默认情况下出现在列标题上的 N 和 N(%) ，使其出现在列名称的正下方，而不是位于同一行，从而减少宽度？例如，您的示例中的内容是：

药物 A，N = 98 (49%)1 药物 B，N = 102 (51%)1

成为：

药物A _ _ _ _ _ _ _ _ _药物B

N = 98 (49%)1 _ _ _ _ _ N = 102 (51%)1

谢谢

默认情况下，gtsummary 将by组中的观察数量放在该组的标签旁边。这增加了表格的宽度......如果有很多组或很大的 N，表格会很快变得很宽。

是否可以让 gtsummary 在标签下方的单独行上报告 N？例如

> data(mtcars)
> mtcars %>%
+         select(mpg, cyl, vs, am) %>%
+         tbl_summary(by = am) %>%
+         as_tibble()
# A tibble: 6 x 3
  `**Characteristic**` `**0**, N = 19`   `**1**, N = 13`  
  <chr>                <chr>             <chr>            
1 mpg                  17.3 (14.9, 19.2) 22.8 (21.0, 30.4)
2 cyl                  NA                NA               
3 4                    3 (16%)           8 (62%)          
4 6                    4 (21%)           3 (23%)          
5 8                    12 (63%)          2 (15%)          
6 vs                   7 (37%)           7 …

有谁有任何将 gsummary 表导出到 Word 的简化方法吗？

我是一名 R 新手用户，非常喜欢 gtsummary 能够高效地生成可供发布的表。我现在遇到的唯一障碍是如何轻松地将 gtsummary 的表格导出到 Word 文档中，以便与主要使用 Word 的同事共享。我已经尝试了建议的方法，将 gtsummary 表导出为 flex_tables，然后进一步将这些 flex_tables 导出为 Word 文档，但是当我这样做时，似乎会丢失一些 gtsummary\xe2\x80\x99s 的良好格式（也许我可能会得到更好的结果）拥有更多经验，因为其他博主似乎表明他们通过在导出时添加自己的格式化脚本获得了相当好的结果）。我还尝试过简单地将 gtsummary\xe2\x80\x99s html 输出复制并粘贴到 Word 中，这很容易，但这也导致我丢失了一些 gtsummary\xe2\x80\x99s 好的格式。

还有其他人有一些对他们来说效果很好的建议出口解决方案吗？