标签: gtsummary

我想在使用 R 包 gtsummary 中的 tbl_regression 生成的回归汇总表的变量名中引入下标。任何人都可以提供有关如何执行此操作的指导吗？用于生成表格的代码和结果表格如下所示。我希望标签“NO2”显示为“NO ₂ ”。

library(tidyverse)
library(gtsummary)

case <- c(0,1,0,0,0,0)
no2 <- c(17, 14, 8, 9, 9, 7)
df <- data.frame(case, no2)

mod_adj <- glm(case~no2,data=df, family="binomial")

regression_table_adj <- mod_adj %>% 
  tbl_regression(exponentiate = TRUE,  label = list(no2~"NO2"))

regression_table_adj

^{由reprex 包(v0.3.0)于 2020-03-04 创建}

使用 R 包 gtsummary 中的 tbl_regression 生成的表，显示我想要包含数字下标的系数名称

我会将 N 和 % 的值拆分为两个单独的列，即 N 和 % 列

library(gtsummary)

trial %>% 
  select(response, grade) %>% 
  tbl_summary()

我正在尝试向gtsummary表格的行标签添加脚注，但我不知道如何引用我想要的确切单元格。

预期输出

使用默认trial数据集，我想在“Drug B”中添加一个脚注，内容为“ie placebo”：

我尝试转换为gt表格，然后使用tab_footnote()and cells_stub()，但我不知道如何使用row = 来引用我想要的特定行标签。

不幸的是，文档示例cells_stub()仅使用其默认locations = everything()参数值。

library(gtsummary)\nlibrary(gt)\n\ntrial["trt"] |>\n        tbl_summary() |>\n        as_gt() |>\n        tab_footnote(footnote = "i.e. placebo",\n                     # Line below doesn\'t work\n                     locations = cells_stub(rows = "Drug B"))\n

我正在尝试为gtsummary包含回归模型的回归表生成多个级别的标题，这些模型应在表中按年份分组。这是一个玩具示例：

library(dplyr)
library(gtsummary)
library(purrr)

set.seed(92922)
df <- tibble(y_1980 = rbinom(n = 10, size = 1, prob = .4),
             y_1990 = rbinom(n = 10, size = 1, prob = .7),
             x1 = rnorm(10, sd = 1),
             x2 = rnorm(10, sd = 2))

tbls <- c("y_1980 ~ x1", "y_1980 ~ x1 + x2", "y_1990 ~ x1", "y_1990 ~ x1 + x2") %>% 
  map(as.formula) %>% 
  map(glm,
      data = df, 
      family = binomial(link = "logit")) %>% 
  map(tbl_regression, exponentiate = TRUE) %>% 
  map(add_significance_stars, …

我一直在使用 sjplot 创建一个组合表。这将创建一个 HTML 表。我想做一个可以导出到word的表格。

我已经查看了这篇讨论复制和粘贴到 word 中的帖子，但这改变了列和行的格式。 在R中将多个回归表输出到Word文档的多页中

n1 <- glm(N  ~ Age_2 , data = n_data, family = "binomial")
g1 <- glm(G  ~ Age_2 , data = g1_data, family = "binomial")
ga1 <- glm(G_1  ~ Age_2 , data = ga1_data, family = "binomial")
l1 <- glm(L_1  ~ Age_2 , data = l1_data, family = "binomial")
c1 <- glm(C_1  ~ Age_2 , data = c1_data, family = "binomial")
m1 <- glm(m  ~ Age_2 , data = m1_data, family = …

我正在使用优秀的 R 包“gtsummary”创建汇总表，它在高效、准确地生成汇总表方面确实帮助了我很多。但我想知道一些统计数据，如t值、F值和卡方是否可以像p值一样自动生成？

library(gtsummary)

add_p_ex1 <-
  trial[c("age", "grade", "response", "trt")] %>%
  tbl_summary(by = trt) %>%
  add_p()

这是使用“gtsummary”生成的汇总表

我正在与 gtsummary 一起开发一个项目。对于其中一个表，我必须构建一个长表，列出 matchit 过程之前和之后的协变量。

我的问题是，对于所有协变量（例如Obesity ），它读取一行Obesity，然后读取下一行Obese，然后读取下一行Not Obese。这是三个表格，我只想显示其中一个：糖尿病 N (%)。

我尝试过编辑二分变量，引入Null，试图找到一个row_hide函数，但无济于事。

这是我的代码：

创建试验

trialCAS1 <- index_CAS %>%
select(TopDecile, Gender, Obesity, Diabetes, Diabetes_Complex, etc)

表总结

CAStable1 <- tbl_summary(trialCAS1, 
by = TopDecile,
missing = "no") %>%
add_n() %>%
modify_header(label = "**Variable**") %>%
bold_labels()

我包括了我得到的第一张桌子。

我试图弄清楚如何在使用 gtsummary 时添加自定义选项 - 例如，pvalues 的星号、标题等。

这是一个使用基础 mtcars 数据的可重现示例，以防更有效......

library(tidyverse)
library(gtsummary)
#> Warning: package 'gtsummary' was built under R version 4.0.3
#> #Uighur

r1 <- lm(mpg ~ wt + cyl, data = mtcars) %>% 
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)

r2 <- lm(hp ~ wt + cyl, data = mtcars) %>% 
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)

r3 <- lm(qsec ~ wt + cyl, data = mtcars) %>% 
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)


tbl_merge(list(r1, r2, r3), 
          tab_spanner = c("**MPG**", "**Horsepower**", "**Seconds**"))

我用as_kable_extra(table, format="latex")。这段代码给了我一堆乳胶代码，然后我复制并粘贴，然后将其保存为 tex 表。

我可以将乳胶代码保存在 R 上以避免复制和粘贴吗？

我正在尝试打印 HTML 表格列表，但由于某种原因，当我编织文档时，我得到的是原始 HTML 代码用于输出，而不是渲染的表格。例子：

---
title: "html-render-issue"
output: html_document
---

library(tidyverse)
library(gtsummary)

# this table renders correctly:
tbl_summary(iris)

# but this table does not!!
tables <- list(tbl_summary(iris), tbl_summary(cars))
print(tables)

我不明白为什么会发生这种情况，我尝试使用 for 循环对列表进行索引

for (i in 1:2) {
  print(tables[[i]])
}

但这似乎也不起作用！缺少做tables[[1]]; tables[[2]]等（这确实有效），有没有办法迭代列表并获得我想要的输出？