标签: etetoolkit
如何从出租车获得王国,门,类,秩序,家庭,属和物种的分类学特定ID？
我有一个如下所示的出租车列表:
1204725
2162
1300163
420247
我希望从上面的出租车中获取一个带有分类标准的文件:
kingdom_id phylum_id class_id order_id family_id genus_id species_id
我正在使用" ete3 " 包.我使用工具ete-ncbiquery来告诉你上面的id的谱系.(我使用下面的命令从我的linux笔记本电脑上运行它)
ete3 ncbiquery --search 1204725 2162 13000163 420247 --info
结果如下:
# Taxid Sci.Name Rank Named Lineage Taxid Lineage
2162 Methanobacterium formicicum species root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobacterium,Methanobacterium formicicum 1,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2160,2162
1204725 Methanobacterium formicicum DSM 3637 no rank root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobacterium,Methanobacterium formicicum,Methanobacterium formicicum DSM 3637 1,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2160,2162,1204725
420247 Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 no rank root,cellular organisms,Archaea,Euryarchaeota,Methanobacteria,Methanobacteriales,Methanobacteriaceae,Methanobrevibacter,Methanobrevibacter smithii,Methanobrevibacter smithii ATCC 350611,131567,2157,28890,183925,2158,2159,2172,2173,420247
我不知道哪些项目(IDS)对应于我要找的东西(如果有的话)
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将hcluster生成的ndarray转换为Newick字符串,以便与ete2包一起使用
我有一个通过运行创建的向量列表:
import hcluster
import numpy as np
from ete2 import Tree
vecs = [np.array(i) for i in document_list]
其中document_list是我正在分析的Web文档的集合.然后我执行分层聚类:
Z = hcluster.linkage(vecs, metric='cosine')
这会生成一个ndarray,例如:
[[ 12. 19. 0. 1. ]
[ 15. 21. 0. 3. ]
[ 18. 22. 0. 4. ]
[ 3. 16. 0. 7. ]
[ 8. 23. 0. 6. ]
[ 5. 27. 0. 6. ]
[ 1. 28. 0. 7. ]
[ 0. 21. 0. 2. ]
[ 5. 29. 0.18350472 2. ]
[ 2. …5
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如何给`ete3`树上的叶子上色？（蟒蛇 3）
我刚开始使用ete3，它很棒。
如何ete3使用颜色字典为Tree 对象的叶子着色？我做"c":None是因为我不想c出现。
我想更好地控制树渲染，但我无法弄清楚如何做到这一点。
我看到有NodeStyle对象，但我认为这是针对实际节点的。看起来这个TextFace对象是我需要的，但我不知道如何使用它。 所有的例子都是添加标签。
# Build Tree
tree = ete3.Tree( "((a,b),c);" )
# Leaf mapping
D_leaf_color = {"a":"r", "b":"g","c":None}
# Set up style for circular tree
ts = ete3.TreeStyle()
ts.mode = "c"
# Draw Tree
tree.render("tree_test.png", dpi=300, w=500, tree_style=ts)
我看着这个问题，但它非常令人困惑： 如何使用一组固定的颜色为树节点着色？
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如何从滑行中获取分类学等级名称？
这个问题与以下内容有关： 如何从滑行中获取王国，门，阶级，顺序，家庭，属和物种的分类学特定ID？
那里给出的解决方案是可行的，但是我想为已定义等级的每个分类ID提供名称。我在ete3上发现了这一点，它可以完成这项工作：
names = ncbi.get_taxid_translator(lineage)
print [names[taxid] for taxid in lineage]
但不是Python程序员，我无法将其合并到以上链接中给出的代码中。这是我尝试过的：
import csv
from ete3 import NCBITaxa
ncbi = NCBITaxa()
def get_desired_ranks(taxid, desired_ranks):
lineage = ncbi.get_lineage(taxid)
print lineage
#[1, 131567, 2157, 28890, 183925, 2158, 2159, 2160, 2162, 1204725]
names = ncbi.get_taxid_translator(lineage)
print names
#{1: u'root', 2157: u'Archaea', 2158: u'Methanobacteriales', 2159: u'Methanobacteriaceae', 2160: u'Methanobacterium', 2162: u'Methanobacterium formicicum', 183925: u'Methanobacteria', 28890: u'Euryarchaeota', 131567: u'cellular organisms', 1204725: u'Methanobacterium formicicum DSM 3637'}
lineage2ranks = ncbi.get_rank(names)
print lineage2ranks
#{1: u'no rank', 2157: u'superkingdom', …2
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使用Python 2.7的HTML解析树
我试图为下面的HTML表配置一个解析树,但是无法形成它.我想看看树结构是什么样的!有人可以帮助我吗？
# <html>
# <head>
# <title>
# The Dormouse's story
# </title>
# </head>
# <body>
# <p class="title">
# <b>
# The Dormouse's story
# </b>
# </p>
# <p class="story">
# Once upon a time there were three little sisters; and their names were
# <a class="sister" href="http://example.com/elsie" id="link1">
# Elsie
# </a>
# ,
# <a class="sister" href="http://example.com/lacie" id="link2">
# Lacie
# </a>
# and
# <a class="sister" href="http://example.com/tillie" id="link2">
# Tillie
# </a>
# ; …2
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ETE2 .phonehome()它是复活节彩蛋吗？
ETE2(用于系统发育树探索的Python环境)有一个.phonehome()可以在树/节点类对象上调用的方法.返回:
== Calling home... Got answer!
He11o alien,
How is everything in the Earth?
We miss you in Brodo Asogi.
I see you are in shape.
No updates are available.
== Do you want to leave any message?
(Press enter to finish)
如果您想自己测试一下,请尝试:
from ete2 import Tree
t = Tree() # generate random Tree
t.phonehome() # communicate with Aliens!
这是一个复活节彩蛋吗？
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etetoolkit ×6
python ×5
ncbi ×2
colors ×1
dendrogram ×1
ete3 ×1
hcluster ×1
messaging ×1
numpy ×1
parse-tree ×1
phylogeny ×1
python-2.7 ×1
taxonomy ×1
tree ×1