标签: devtools

我是roxygen的新手,我很难看到如何使用它来快速创建一个新的/自定义包.

即我想知道最低要求是制作一个名为package1using 的包devtools,roxygen2/3以便我可以运行命令

require(package1)
fun1(20)
fun2(20)

分别生成2000和4000个随机法线

让我们举一个最简单的例子.

如果我有两个功能fun1和fun2

fun1 <- function(x){
    rnorm(100*x)
}

和

fun2 <- function(y){
    rnorm(200*y)
}

params是数字,返回值是数字.我很确定这不是一个S3方法,让我们调用标题fun1和fun2 ....我不太确定我需要提供的其他信息.我可以将fun1和fun2放在单独的.R文件中并添加abit #'但不确定包含roxygen的所有相关要求,也不确定要包含哪些相关requiremetns以及如何使用它来创建rd文档以与包一起使用.我假设名称空间只有名称fun1和fun2？包裹描述只是一些与我有关的通用信息......以及包裹的功能？

任何一步一步的指南都会很高兴收到.

编辑:以下是我开始的距离......

我可以得到以下内容来创建一个pacakge ...但是不能使用roxygen来制作文档......

package.skeleton(list = c("fun1","fun2"), name = "package1")

这里是我不确定我是否错过了一堆步骤......

roxygenise("package1")

因此,当尝试安装时,我收到以下错误消息

system("R CMD INSTALL package1")
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘package1’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: /path.to.package/package1/man/package1-package.Rd:32: All text must be in …

我无法devtools在redhat linux服务器上的R Studio中安装软件包.出现这些错误消息:

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/xx/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

ERROR: dependency ‘RCurl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/home/xx/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/httr’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘RCurl’ are not available for package ‘devtools’

我也无法安装RCurl包.我也尝试过安装这些libcurl库:

sudo yum install libcurl4-openssl-dev
sudo yum install libcurl4-gnutls-dev

但该系统表示没有可用的此类软件包.

有没有其他方法来安装devtools包？或者我该如何解决Rcurl安装问题？

我正试图devtools::install_github第一次安装一个包

l@np350v5c:~$ R --vanilla
> library(devtools)

Attaching package: ‘devtools’

The following objects are masked from ‘package:utils’:

    ?, help

The following object is masked from ‘package:base’:

    system.file

> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:devtools"  "package:stats"    
 [4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
 [7] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"        
[10] "package:base"

但是,例如

> install_github("devtools")
Installing github repo devtools/master from hadley
Downloading master.zip from https://github.com/hadley/devtools/archive/master.zip
Errore in function (type, msg, asError = TRUE)  : <not set>

输出traceback()是

> traceback()
12: fun(structure(list(message = msg, call = sys.call()), …

要生成R文档文件(.Rd),我使用Rt 3.0.2,Linux 3.11,devtools 1.5,roxygen2 4.0.1的软件包RStudio/Document选项.

目的

我想在文档文件中描述函数的多个参数,例如在此示例中:

\arguments{
  \item{arg1, arg2}{Description}
}

在这里,参数arg1和arg2由一个空格字符分割.这导致HTML版本中的自动换行符.

问题

使用RStudio/Document选项,两个参数之间的空格将第二个参数放在"描述"部分中,例如:

#' @param arg1, arg2 Description

会变成

\arguments{
  \item{arg1,}{arg2 Description}
}

不恰当的解决方案

我想出将两个参数保留在'参数'部分内的唯一方法是不按空格分割,例如:

#' @param arg1,arg2 Description

会变成

\arguments{
  \item{arg1,arg2}{Description}
}

这是不希望的,因为有了更多的参数,带有参数的'column'会占用大量空间.我试图逃避这个空间,\或者\\包括所有的争论\code{...},但没有一个按预期工作.

题

有没有办法在我的目标中创建输出？也许是一些引入空间的逃脱角色？

谢谢.
斯文

我R在centOS下安装软件包失败了.我正在尝试安装devtools软件包以便rstudio/DT使用该install_github函数安装软件包,但是当我尝试安装devtools软件包时,我得到以下错误:git2r软件包无法安装.有人可能知道我应该怎么做才能成功执行安装？

我的代码和错误sessionInfo如下:

also installing the dependency ‘git2r’

próbowanie adresu URL 'http://r.meteo.uni.wroc.pl/src/contrib/git2r_0.10.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1014817 bytes (991 Kb)
otwarty adres URL
==================================================
downloaded 991 Kb

próbowanie adresu URL 'http://r.meteo.uni.wroc.pl/src/contrib/devtools_1.8.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 141487 bytes (138 Kb)
otwarty adres URL
==================================================
downloaded 138 Kb

* installing *source* package ‘git2r’ ...
** pakiet ‘git2r’ zosta? pomy?lnie rozpakowany oraz sumy MD5 zosta?y sprawdzone
checking build system type... …

我试图在R包中包含一个(有些)大数据集.在Rstudio检查期间我一直收到警告说我可以通过压缩来节省空间:

* checking data for ASCII and uncompressed saves ... WARNING

  Note: significantly better compression could be obtained
        by using R CMD build --resave-data
          old_size new_size compress
  slp.rda    499Kb    310Kb    bzip2
  sst.rda    1.3Mb    977Kb       xz

我已经尝试添加-- resave-data到RStudio的"配置Buid工具"无效.

R包devtools似乎是使用该install_github()函数直接从其github存储库安装R包的首选方法.

这样做时,不仅安装了已解决的github-package,还安装了直接的CRAN依赖项,即包的Description/Namespace文件中定义的Depends和Imports.

但是,我想知道是否需要间接需要的包,例如Depends和Imports包所需的包,也会自动安装.

例如,在安装DT包通过时install_github("rstudio/DT"),htmltools也会安装(设置dependencies=TRUE)Imports包,但不Rcpp包括前者所依赖的包(R 3.3.1,Rtools34,Win10,x64).这些包需要以另一种方式安装吗？

我看到我最近的包构建不再创建手册,即使我没有在构建设置中添加"--no-manual".之前我没有遇到过这个问题 - 我最近更新了devtools和roxygen2.

我错过了什么吗？

以下是我设置项目选项的方法:

我正在编写一个使用外部数据的函数，如下所示：首先，它检查数据是否在data/文件夹中，如果不在，则创建data/文件夹，然后从github下载文件；如果数据已经在data/文件夹中，它将对其进行读取并执行计算。

问题是，当我运行时：

devtools::check()

它返回：

Error: 'data' is not an exported object from 'namespace:my_package'

我应该手动穿上东西NAMESPACE吗？

一个例子：

my_function <- function(x){
if(file.exists("data/data.csv")){
    my_function_calculation(x = x)
  } else {
    print("Downloading source data...")
    require(RCurl)
    url_base <-
 getURL("https://raw.githubusercontent.com/my_repository/data.csv")
    dir.create(paste0(getwd(),"/data"))
    write.table(url_base,"data/data.csv", sep = ",", quote = FALSE)
    my_function_calculation(x = x)
  }
}

my_function_calculation <- function(x = x){
    data <- NULL
    data <- suppressMessages(fread("data/data.csv"))
    #Here, I use data...
    return(data)
}

我想知道我当前的库中有多少个软件包是从GitHub安装的，但是找不到解决方法

# The number of installed packages in my library
length(.packages(all.available=TRUE))
[1] 145

这篇R-bloggers帖子显示了软件包的版本，但未显示从https://www.r-bloggers.com/list-of-user-installed-r-packages-and-their-versions/安装的位置。

ip <- as.data.frame(installed.packages()[, c(1, 3:4)])
rownames(ip) <- NULL
ip <- ip[is.na(ip$Priority), 1:2, drop=FALSE]
print(ip, row.names=FALSE)

              Package     Version
                abind       1.4-5
              acepack       1.4.1
                 ade4      1.7-10
            albersusa       0.3.0
        AnnotationDbi      1.40.0
          ansistrings       1.0.0
                  ape         5.0
                  aqp        1.15
                  ash      1.0-15
           assertthat       0.2.0
                astsa         1.8
                ATmet         1.2
              automap      1.0-14
            backports       1.1.2
               base64         2.0
            base64enc       0.1-3
                bazar       1.0.6
               BBmisc        1.11
             beeswarm       0.2.3
                   BH    1.66.0-1

我以为我可以加载所有软件包，然后运行devtools::session_info()以查找我想要的东西 https://www.r-bloggers.com/loading-all-installed-r-packages/

lapply(.packages(all.available=TRUE), 
        function(x) library(x, …