我希望使用这个devtools包.我运行以下命令:
> install.packages("devtools", dependencies = TRUE)
....
> library(devtools)
Error in library(devtools) : there is no package called ‘devtools’
我究竟做错了什么？
编辑:以下是重新install.packages启动会话后重新运行命令的结果.
> install.packages("devtools", dependencies = TRUE)
Installing package into ‘/home/evanaad/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: dependencies ‘roxygen2’, ‘BiocInstaller’, ‘rstudio’ are not available
also installing the dependencies ‘httr’, ‘RCurl’
trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/httr_0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 50183 bytes (49 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 49 …如何避免以下R CMD check使用新R开发版本出现的注意事项(R Under development(unstable)(2017-02-15 r72179))？
• checking for unstated dependencies in examples ... OK
• checking line endings in C/C++/Fortran sources/headers ... OK
• checking compiled code ... NOTE
File ‘pkgname/libs/pkgname.so’:
Found no calls to: ‘R_registerRoutines’, ‘R_useDynamicSymbols’
It is good practice to register native routines and to disable symbol
search.
例如在Hmisc中
你们为XPath使用了什么工具？为什么？现在我正在使用
SketchPath似乎对我来说最为突出,因为它实际上可以帮助您创建xpath并且它非常先进.如果你还没有尝试过,你应该这样做.
缺点是SketchPath:你必须在机器上安装它,否则它太棒了.
对WhiteBeam的缺点:你必须上传你出于安全原因我并不总是想做的文件,你可以上传的文件大小有一些限制,上传文件很烦人.另外我认为用于该工具的xpath与运行.NET应用程序之间可能存在一些细微差别.但是现在不记得了.请记住它.
我从控制台中的 misc Chrome 扩展程序中收到了大量其他错误。如果我转到设置并选中“仅选定上下文”，那么它们就会消失，一切都很好。
如果我关闭该选项卡，或打开一个新的 Chrome 窗口，“仅选定上下文”将再次取消选中。
是否有可能永远保留此设置？
我的机构最近为我们安装了GitLab.我已经想出如何使用GitLab服务器安装R软件包,devtools::install_git只要项目是公共的,它就可以工作.
#* When modeltable project has Public status
devtools::install_git('https://mini-me2.lerner.ccf.org/nutterb/modeltable.git')
但是,如果我有一个列为"内部"或"私有"的软件包,我无法在没有某种形式的身份验证的情况下安装软件包.到目前为止,我还没有想出如何通过URL传递身份验证.有没有人有从GitLab下载包的经验？
#* After changing the 'modeltable' project to Private status
devtools::install_git('https://mini-me2.lerner.ccf.org/nutterb/modeltable.git')
Preparing installation of modeltable using the Git-URL: https://mini-me2.lerner.ccf.org/nutterb/modeltable.git
'/usr/bin/git'clone --depth 1 --no-hardlinks https://mini-me2.lerner.ccf.org/nutterb/modeltable.git /tmp/Rtmp5aj1cU/file24493dc03a32
Error: There seems to be a problem retrieving this Git-URL.
我正在开发一个R包,使用devtools,testthat和roxygen2.我在数据文件夹(foo.txt和bar.csv)中有几个数据集.
我的文件结构如下所示:
/ mypackage
/ data
* foo.txt, bar.csv
/ inst
/ tests
* run-all.R, test_1.R
/ man
/ R
我很确定'foo'和'bar'是正确记录的:
#' Foo data
#'
#' Sample foo data
#'
#' @name foo
#' @docType data
NULL
#' Bar data
#'
#' Sample bar data
#'
#' @name bar
#' @docType data
NULL
我想在我的文档示例和单元测试中使用'foo'和'bar'中的数据.
例如,我想通过调用以下方法在我的测试中使用这些数据集:
data(foo)
data(bar)
expect_that(foo$col[1], equals(bar$col[1]))
而且,我希望文档中的示例如下所示:
#' @examples
#' data(foo)
#' functionThatUsesFoo(foo)
如果我在开发包时尝试调用data(foo),我会收到错误"data set'foo'not found".但是,如果我构建软件包,安装它并加载它 - 那么我可以使测试和示例工作.
我目前的解决方法是不运行示例:
#' @examples
#' \dontrun{data(foo)}
#' \dontrun{functionThatUsesFoo(foo)}
在测试中,使用特定于本地计算机的路径预加载数据:
foo …我正在尝试从我的github仓库安装一个示例包:
https://github.com/jpmarindiaz/samplepkg
我可以通过R解释器使用以下任何命令公开repo时安装它:
install_github("jpmarindiaz/rdali")install_github("rdali",user="jpmarindiaz")install_github("jpmarindiaz/rdali",auth_user="jpmarindiaz")但是当git存储库是私有的时,我得到一个错误:
Installing github repo samplepkg/master from jpmarindiaz
Downloading samplepkg.zip from
https://github.com/jpmarindiaz/samplepkg/archive/master.zip
Error: client error: (406) Not Acceptable
当repo是私有的,任何提示时,我还没弄清楚身份验证的工作原理是什么？
在Ubuntu中,我/usr/lib/R/site-library通过在中指定lib选项来安装目录中的所有R包install.packages().
但是当我尝试使用,安装R软件包的开发版本时install_github(),它总是安装在系统用户的本地存储库中.
.libPaths()有4个目录,包括本地存储库.所以,我有两个问题,
如果我从中移除本地存储库,它是否会安装在任何其他3个存储库中.libPaths()？
有没有办法指定安装库路径install_github()？
我正在使用Ubuntu 12.04 64bit和R 3.0.1
---------------------- UPDATE --------------------------- -----
无法从中删除本地存储库 .libPaths()
如果我尝试使用安装install_github()在RStudio,它安装在local repository因为lib没有指定.
如果我尝试使用安装install_github()作为非root用户,它安装在local repository因为lib没有指定.
如果我尝试使用安装install_github()作为根用户,它安装在/usr/local/lib/R/site-library因为lib没有指定.
有指定的installation lib吗？
我正在开发一个闪亮的应用程序,因为我想使用该功能的自动化测试和文档,我开始在一个包中开发接口(这里推荐).
我在RStudio中开发这个闪亮的应用程序,我有一个server.R文件,我可以点击RStudio内的运行应用程序按钮,一切正常.我将我的包提交到github存储库,从这一点开始我想在我的R闪亮服务器上使用devtools和安装它install_github.
现在我想知道如何在服务器中启动我的应用程序.我天真地想着安装软件包并指向server.R文件,但这在某种程度上无法正常工作.不确定问题出在哪里.
我的第二次尝试是创建一个文件app.R,在闪亮的服务器可访问的文件夹中调用,在这个文件中,我基本上加载我的包,闪亮和其他所需的包,但它因为缺少变量而以某种方式抱怨...
有人可以给我一个建议吗？我也很乐意回答任何问题,因为我不确定如何正确地提出这个问题.提前致谢.
编辑部署到闪亮的服务器
由于Colin D在评论中询问如何在闪亮的服务器上部署这些软件包,我想演示如何做到这一点.
首先,我使用以下命令通过root命令行直接在光亮的服务器上安装我的软件包.
su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\""
下一步是更改包文件夹的所有者
chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/
然后我重新启动闪亮的服务器,因为这有时会出现缓存等问题.
systemctl restart shiny-server
这些是我更新闪亮应用时的步骤.我通常再次以root为单位执行此操作
su - -c "R -e \"devtools::install_github('user/shinypackage')\"" & chown -R shiny:shiny /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/ & systemctl restart shiny-server
我们仍然需要做的一件事是在shiny-server.conf文件中设置目录.我刚刚添加了包路径+ 保存ui.R和server.R保存的应用程序目录.
location /shinypackage {
app_dir /usr/local/lib/R/site-library/shinypackage/application;
log_dir /var/log/shiny-server;
}
然后我必须使用重新启动服务器systemctl restart shiny-server …
通过以下方式构建R包时,我想排除以下资源.Rbuildignore:
^.*\.Rproj$
^\.Rproj\.user$
inst/examples
inst/prof
man-roxygen
tests
但我很困惑,因为它似乎有时似乎有效,有时它却没有.
我猜测它必须要做我是否正在使用devtools::build(),devtools::install()或者在RStudio中击中SHFT + CTRL + B(或构建>>构建和重新加载)时发生的任何事情.
我能找到的唯一相关资源是这篇文章导致了这个问题,但我仍然没有完全理解.
这是我试过的:
通过RStudio快捷方式加载所有后跟Build和Reload:
这是我在打电话时看到的list.files(file.path(R.home("library"), "mypackage")):
[1] "DESCRIPTION" "examples" "help" "html"
[5] "INDEX" "Meta" "NAMESPACE" "prof"
[9] "R"
加载所有后跟Build和Reload,然后按devtools::install():
这是我在打电话时看到的list.files(file.path(R.home("library"), "mypackage")):
[1] "DESCRIPTION" "examples" "help" "html"
[5] "INDEX" "Meta" "NAMESPACE" "prof"
[9] "R" "tests"
devtools::load_all()其次是devtools::build()其次devtools::install():
这是我在打电话时看到的 …