标签: dendextend

我想修改从hclust对象的绘图生成的树形图中的叶子的属性.最低限度,我想改变颜色,但您可以提供的任何帮助将不胜感激.

我确实尝试过谷歌答案,但我看到的每一个解决方案似乎都比我猜想的要难得多.

我在R中有一个树形图.它基于使用hclust的分层聚类.我正在着色不同颜色的标签,但是当我尝试更改我的dedrogram的标签(到集群所基于的数据帧的行)时,使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)标签被替换,但是在错误的位置.例如:

我的树形图看起来像这样:

 ___|___
|      _|_
|     |   | 
|     1   0
2

当我现在尝试更改上面指定的标签时,标签会更改,但它们会按照数据框中的顺序从左到右应用.如果我们假设我的原始数据框看起来像这样

df:
   Column1  Column2
0     1        A
1     2        B
2     3        C

我想要的是这个:

    ___|___
   |      _|_
   |     |   | 
   |     B   A
   C

但我真正得到的是:

    ___|___
   |      _|_
   |     |   | 
   |     B   C
   A   

数据的聚类及其转化为树状图的过程​​如下:

> d <- stringdistmatrix(df$Column1, df$Column1)
> cl <- hclust(as.dist(d))
> dend = as.dendrogram(cl)

谁能告诉我如何用基于索引的另一列的值标记我的树状图？

我想创建一个带有水平标签的树状图，但让叶子根据其高度悬挂，而不是仅仅掉落到图的边缘。

例子：

par(mfrow = c(1,2))
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc) # a plot with hanging branches
plot(as.dendrogram(hc), horiz = TRUE) # a horizontal plot, but the branches are not hanging

关于如何编程有什么建议吗？

谢谢。

我在R中有一个树状图,我无法正确使用它.

我会告诉你问题是什么,请查看:http://img.photobucket.com/albums/v699/rica01/Rplot-1.png

如何在叶子上制作标签,它们之间的间距更大,间距更大？

谢谢.

-Ricardo

我试图将此树形图切割成3组:(T24,T1,T17等),(T12,T15,T6等)和(T2,T8,T3,T9)

我尝试过使用cutree(hc,k = 3,h = 400),但它继续制作相同的组.任何帮助是极大的赞赏.这是我的代码.

#temps must have date/time as column headers, not row headers
load(temps)
distMatrix <- dist(temps)
#create label colors
labelColors = c("#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A", "#984EA3", "#FF7F00", "#FFFF33")
# cut dendrogram in 3 clusters
clusMember = cutree(hc, k=3, h=400)
colLab <- function(n) {
  if (is.leaf(n)) {
  a <- attributes(n)
  labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]
  attr(n, "nodePar") <- c(a$nodePar, lab.col = labCol)
  }
  n
}
hcd = as.dendrogram(hc)
clusDendro = dendrapply(hcd, colLab)
plot(clusDendro, main = "Cluster Analysis")

我想计算我的聚类分析解决方案对实际距离分数的拟合程度。为此，我需要提取我正在聚类的刺激之间的距离。我知道在查看 树状图时我可以提取距离，例如 5 到 -14 之间的距离是 0.219（它们连接处的高度），但是是否有一种自动方法可以从 hclust 中的信息中提取距离目的？

List of 7
 $ merge      : int [1:14, 1:2] -5 -1 -6 -4 -10 -2 1 -9 -12 -3 ...
 $ height     : num [1:14] 0.219 0.228 0.245 0.266 0.31 ...
 $ order      : int [1:15] 3 11 5 14 4 1 8 12 10 15 ...
 $ labels     : chr [1:15] "1" "2" "3" "4" ...
 $ method     : chr "ward.D"
 $ call       : language hclust(d = as.dist(full_naive_eucAll, diag …

我正在尝试使用包 dendexend 创建一个树状图。它创建了非常好的 gg 树状图，但不幸的是，当你把它变成一个“圆圈”时，标签跟不上。我将在下面提供一个示例。

我的距离对象在这里：http : //speedy.sh/JRVBS/mydist.RDS

library(dendextend)
library(ggplot2)
#library(devtools) ; install_github('kassambara/factoextra')
library(factoextra)


clus <- hcut(mydist, k = 6, hc_func = 'hclust', 
             hc_method = 'ward.D2', graph = FALSE, isdiss = TRUE)

dend <- as.dendrogram(clus)
labels(dend) <- paste0(paste0(rep(' ', 3), collapse = ''), labels(dend))
dend <- sort(dend, decreasing = FALSE)

ggd1 <- ggplot(dend %>%
                   set('branches_k_color', k = 6) %>%
                   set('branches_lwd', 0.6) %>%
                   set('labels_colors', k = 6) %>%
                   set('labels_cex', 0.6), 
               theme = theme_minimal(),
               horiz = TRUE)
ggd1 <- ggd1 + …

有没有人有办法corrplot用树状图装饰 R相关图？

我正在尝试获取类似的内容，但不幸的是，我找不到任何可以使我用树状图绘制堆积条形图的软件包，如下所示：

有人知道怎么做吗？

我使用以下代码在特定高度剪切树形图.我遇到的问题是当我剪切树形图时,我无法弄清楚如何向节点添加标签.如何用标签剪切树形图使用R程序？

library(Heatplus)
cc=as.dendrogram(hclust(as.dist(mat),method="single"))
cutplot.dendrogram(cc,h=20)