标签: boxplot

我对使用ggplot2完全不熟悉,但听说它具有很好的绘图功能.我有一个包含不同样本的列表,并根据三个仪器对每个样本进行观察.我想把它变成带有箱形图的图形.我不能包含一个数字,但下面列出了制作示例图的代码.我们的想法是为每个仪器提供每个样品的箱形图.

此外,在图表旁边,我想制作一个图例,为每个样本编号命名.我不知道如何用ggplot2开始这样做.

任何帮助将不胜感激

生成示例图像的R代码是:

#Make data example
Data<-list();
Data$Sample1<-matrix(rnorm(30),10,3);
    Data$Sample2<-matrix(rnorm(30),10,3);
Data$Sample3<-matrix(rnorm(30),10,3);
    Data$Sample4<-matrix(rnorm(30),10,3);

#Make the plots
par(mfrow=c(3,1)) ;
boxplot(data.frame(Data)[seq(1,12,by=3)],names=c(1:4),xlab="Sample number",ylab="Instrument 1");
boxplot(data.frame(Data)[seq(2,12,by=3)],names=c(1:4),xlab="Sample number",ylab="Instrument 2");
boxplot(data.frame(Data)[seq(3,12,by=3)],names=c(1:4),xlab="Sample number",ylab="Instrument 3");

我有一个看起来像这样的数据集

 VegType    87MIN   87MAX   87Q25   87Q50   87Q75   96MIN   96MAX   96Q25   96Q50     96Q75 00MIN   00MAX   00Q25   00Q50   00Q75
 1          0.02    0.32    0.11    0.12    0.13    0.02    0.26    0.08    0.09    0.10    0.02    0.28    0.10    0.11    0.12
 2          0.02    0.45    0.12    0.13    0.13    0.02    0.20    0.09    0.10    0.11    0.02    0.26    0.11    0.12    0.12
 3          0.02    0.29    0.13    0.14    0.14    0.02    0.27    0.11    0.11    0.12    0.02    0.26    0.12    0.13    0.13
 4          0.02    0.41    0.13    0.13    0.14    0.02    0.58    0.10    0.11    0.12    0.02    0.34    0.12    0.13 …

我无法弄清楚如何在R中制作包含多个箱图的单个图形,同时按列和行对数据框/矩阵进行分组.

我在R中有一个10行和500列的数据框.这些列分为2组(因子 - 1和2),现在我想要一个包含两个箱图的单个图,该数据框的每一行都受列组的影响.

防爆.

    M1 N2 O1 P2 Q1 R2      # [The 1's and 2's refer to my two column groups]
 A  10 11 12 13 14 15
 B  15 14 13 12 11 10 
 C  20 21 22 23 24 25
 D  25 24 23 22 21 20

因此,对于上面的例子,我希望每行有一个带有"4个箱图对"的图,这样每个箱图对将代表对应于我的列的1和2的因子的值.

提前致谢 !!!

我正在尝试使用 ggplot2 在 R 中绘制箱线图。

这是我的带有示例数据的代码：

df = structure(list(Closeness = c(0.0919540229885057, 0.0950259836674091, 0.0957367240089753, 0.0960240060015004, 0.0901408450704225, 0.0970432145564822, 0.0939794419970631, 0.0943952802359882, 0.0921526277897768, 0.0914285714285714, 0.0933625091174325, 0.0953090096798213, 0.0917562724014337, 0.0960960960960961, 0.0937728937728938, 0.0909090909090909, NA, 0.0946045824094605, 0.0864280891289669, 0.0879120879120879, 0.0905233380480905, 0.100313479623824, 0.0993017843289372, 0.0942562592047128, 0.0950965824665676, 0.0907801418439716, NA, NA, 0.0950965824665676, 0.0913633119200571, NA, 0.0926864590876177, NA, 0.0948148148148148, 0.0958801498127341, 0.0945347119645495, 0.0931586608442504, 0.090014064697609, 0.0968229954614221, 0.0963855421686747, 0.0926193921852388, 0.0919540229885057, 0.0947446336047372, 0.0917562724014337, 0.0905874026893135, 0.0950965824665676, NA, 0.0926193921852388, 0.0900774102744546, 0.0977845683728037), Var1 = c("Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", "Group", …

我想不删除标题，并从该图表中删除轴标签，该图表是我从cowplot用plot_grid生成的。

这是我的代码

    data(mtcars)
 library(ggplot2)
 library(cowplot)
 mpg = ggplot() +
 geom_boxplot(aes(y = mpg,x = as.factor(cyl)),data=mtcars) +
 coord_flip()
 am=ggplot() +
 geom_boxplot(aes(y = mpg,x = as.factor(am)),data=mtcars) +
 coord_flip()
 vs=ggplot() +
 geom_boxplot(aes(y = mpg,x = as.factor(vs)),data=mtcars) +
 coord_flip()
 gear = ggplot() +
 geom_boxplot(aes(y = mpg,x = as.factor(gear)),data=mtcars) +
 coord_flip()
 p=plot_grid(mpg,am,vs,gear, labels = "Variables effecting Mileage", label_size = 14, hjust = -0.5,
 + vjust = 0.5)+theme_grey()
p

此外，如果不使用Cowplot来创建它会更简单，那么您有何建议？

我有一些数据可用于构建一些箱线图，但出现此错误：

警告消息：删除了 1631 行包含非有限值 (stat_boxplot)。

没有NA值，所有数据似乎都很好。我该如何解决这个问题，因为这些在我的数据中肯定是有价值的点，应该通过胡须进行扩展？

数据

数据相当大，我无法得到更小的子样本来产生错误，所以我只会发布原始数据。

数据文件

ggplot2

dat <- readRDS("./dat.rds")
ggplot(dat, aes(x = factor(year), y = dev)) + geom_boxplot() + ylim(-40, 260)

编辑

我能够让它在boxplot`range = 6'下工作。有没有办法在 ggplot 中做到这一点？

boxplot(dev~year, data = d, range = 6)

我需要创建一个独特的箱线图。我希望它代表几何平均值而不是中位数，并且框的顶部和底部是第 90 个和第 10 个百分位数。我找到了有关如何添加均值和 sd 以及如何在绘图上扩展 wiskers 但没有找到如何更改基本统计数据的信息。我想使用 ggplot2，因为我对它很熟悉，但我对任何事情都持开放态度。

我正在使用以下代码按年份绘制粪便大肠菌群数据：

library(psych)
library(dplyr)
library(zoo)
library(caTools)
library(ggplot2)
library(stats)

setwd("H:/MWQSampleData/GrowingAreaRawData")

setAs("character", "myDate", function(from) as.Date(from, format = "%m/%d/%Y"))

RawData <- read.csv("VaughnBay1989.csv", header = TRUE, colClasses = 
            c("factor", "factor", "myDate", "numeric", "factor", "numeric", "numeric","numeric"))

GrowingAreaYrSummary <- RawData %>%
  select(Year, FecalColiform) %>%
  group_by(Year)



Graph <- ggplot(GrowingAreaYrSummary, aes(x=Year, y=FecalColiform))
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  theme(axis.text.y = element_text(face = "bold", angle = 45, size = 14), 
        axis.text.x = element_text(face = "bold", angle = 45, size = 14, vjust …

我想绘制某种箱线图，显示我的数据的中位数。与常规 Box-Plot 相比，我想将框扩展到我的数据的最小值和最大值，而不是四分位数。例子：

x <- c(1,3,5,7,9)

x 的常规 Boxplot 将具有以下统计信息：

• 1：下晶须
• 3：盒子下端
• 5：中位数
• 7：盒子上端
• 9：上须

我想得到：

• 1：盒子下端
• 5：中位数
• 9：盒子上端

谁能帮助我？

我有一个Pandas DataFrame，df它有一个price列和一个year列。我想在根据行对行进行分组后创建一个箱形图year。这是一个例子：

import pandas as pd
temp = pd.DataFrame({"year":[2011, 2011, 2011, 2011, 2012, 2012, 2012, 2012, 2013, 2013, 2013, 2013, 2013],
                     "price":[190, 270, 330, 225, 138, 92, 76, 190, 110, 140, 160, 180, 170]})

    price   year
0   190 2011
1   270 2011
2   330 2011
3   225 2011
4   138 2012
5   92  2012
6   76  2012
7   190 2012
8   110 2013
9   140 2013
10  160 2013
11  180 2013 …

我正在尝试使用此 python 循环打印数据集中每个变量的所有箱线图。

colNameList = list(df.columns)
for i in range (0, len(df.columns)):
    df.boxplot(column=colNameList[i])

其中 df 是我的数据集。

为什么这个简单的代码只向我显示最后一个箱线图？