相关疑难解决方法(0)

我正在使用一些带有snakemake的python脚本来自动化工作流程。这些脚本接受命令行参数，虽然我可以用snakemake.input[0]、snakemake.output[0]等替换它们，但我不愿意这样做，因为我也希望能够在 Snakemake 之外使用它们。

解决这个问题的一种自然方法（我一直在做的）是将它们作为 ashell而不是script. 然而，当我这样做时，依赖图就被破坏了；我更新了脚本，DAG 认为不需要重新运行任何内容。

有没有办法将命令行参数传递给脚本但仍将它们作为脚本运行？

编辑：一个例子

我的Python脚本

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("-o", type=str)
args = parser.parse_args()

with open(args.o, "w") as file:
    file.write("My file output")

我的蛇形档案

rule some_rule:
    output: "some_file_name.txt"
    shell: "python my_script.py -o {output}"