Snakemake：将命令行参数传递给脚本

Question

我正在使用一些带有snakemake的python脚本来自动化工作流程。这些脚本接受命令行参数，虽然我可以用snakemake.input[0]、snakemake.output[0]等替换它们，但我不愿意这样做，因为我也希望能够在 Snakemake 之外使用它们。

解决这个问题的一种自然方法（我一直在做的）是将它们作为 ashell而不是script. 然而，当我这样做时，依赖图就被破坏了；我更新了脚本，DAG 认为不需要重新运行任何内容。

有没有办法将命令行参数传递给脚本但仍将它们作为脚本运行？

编辑：一个例子

我的Python脚本

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("-o", type=str)
args = parser.parse_args()

with open(args.o, "w") as file:
    file.write("My file output")

我的蛇形档案

rule some_rule:
    output: "some_file_name.txt"
    shell: "python my_script.py -o {output}"

Answer 1

根据@troy-comi 的评论，我一直在做以下事情——虽然有点黑客行为——但正是我想要的。我将脚本定义为 Snakemake 规则的输入，这实际上也有助于提高可读性。典型的规则（这不是完整的 MWE）可能看起来像

rule some_rule:
    input:
        files=expand("path_to_files/f", f=config["my_files"]),
        script="scripts/do_something.py"
    output: "path/to/my/output.txt"
    shell: "python {input.script} -i {input.files} -o {output}"

当我修改脚本时，它会触发重新运行；它是可读的；并且它不需要我插入snakemake.output[0]我的 python 脚本（使得它们很难在此工作流程之外回收）。