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我在R中使用knitr包和pandoc将.Rmd文件转换为PDF.Pandoc链接到.bib文件并自动在PDF末尾插入参考书目.bib文件中的条目如下所示,取自http://johnmacfarlane.net/pandoc/demo/biblio.bib:

@Book{item1,
        author="John Doe",
        title="First Book",
        year="2005",
        address="Cambridge",
        publisher="Cambridge University Press"
  }

@Article{item2,
         author="John Doe",
         title="Article",
         year="2006",
         journal="Journal of Generic Studies",
         volume="6",
         pages="33-34"
}

为了构建我的参考书目,我使用以下函数,取自:http://quantifyingmemory.blogspot.co.il/2013/02/reproducible-research-with-r-knitr.html

knitsPDF <- function(name) {
  library(knitr)
  knit(paste0(name, ".Rmd"), encoding = "utf-8")
  system(paste0("pandoc -o ", name, ".pdf ", name, ".md --bibliography /Users/.../Desktop/test.bib --csl /Users/.../Desktop/taylor-and-francis-harvard-x.csl"))
}

我的.Rmd文件的内容是:

This is some text [@item1]

This is more text [@item2]

# References

输出的PDF看起来像这样:

如果我尝试插入附录,则引用仍会在文档末尾打印,如下所示:

如何在引用后插入附录？

[我的环境:Win 7 Pro/R 3.2.1/knitr_1.12.3/R Studio版本0.99.892]

我正在尝试.Rmd使用R Studio,Knit - > PDF格式撰写文章,我一直关注http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html,详细了解如何获取pandoc和pandoc-citeproc制作参考文献部分和引文中的文字.

我的中文提供参考是在几个不同的.bib文件,这些文件在使用乳胶时.Rnw的文件,都是在发现我的本地texmf目录树下通过

\bibliography{statistics, graphics}

我似乎无法使这项工作pandoc-citeproc.我的YAML标头具有以下内容,适用于一个 .bib文件,只要它与源.Rmd文件位于同一目录中:

    ---
    title: "Notes on Testing Equality of Covariance Matrices"
    author: "Michael Friendly"
    date: '`r format(Sys.time(), "%B %d, %Y")`'
    output:
      pdf_document:
        fig_caption: yes
        keep_tex: yes
        number_sections: yes
    csl: apa.csl
    bibliography: statistics.bib
    ---

根据上面给出的链接中的建议,我试过:

bibliography: [statistics.bib,graphics.bib]

这给了:

pandoc-citeproc.exe: "stdin" (line 50, column 12):
unexpected ":"
expecting letter, …

我想在 Rmarkdown 文档中包含主要文本和补充文本的单独参考部分。这里和这里建议的方法在很大程度上有效，但如果两个指定的 .bib 文件中都出现了引用，那么它们就会出现在两个列表中，即使它们仅在一个部分中被引用。

我通过重命名第二个 .bib 文件中的键，然后在补充中使用更改后的引文键来解决这个问题。这是有效的，直到我在正文和补充中引用了同一篇论文。然后它们被解释为不同的引文，因此它们被标记为“a”和“b”，例如（Smith et al. 2000a）和（Smith et al. 2000b），即使它们是完全相同的参考文献。

我通过在第二个 .bib 文件中仅包含补充中引用的那些参考文献来解决这个问题。如果这些参考文献也在正文中被引用，我将不修改它们，但如果它们仅出现在补充中，那么我会修改引用键。然后修改后的键仅在第二个参考书目中生成外观。这似乎可行，但很麻烦（如果添加或删除文本引用等，则容易出错）。

有没有更好的办法？我想要的是指定一个 .bib 文件，其中包括将引用的任何可能的参考文献（加上更多 - 它链接到 Zotero，我使用该citr包插入引用）。然后我想要某种方法来重置扫描引文的范围。例如，我有

---
bibliography: "My Library.bib"
output:
  bookdown::pdf_book:
    fig_caption: yes
    df_print: paged
    number_sections: no
    pandoc_args: --lua-filter=multiple-bibliographies.lua    
    toc: no
    keep_tex: true
    base_format: rticles::elsevier_article
---
# Main text
A bunch of text here with citations.

<!-- list all citation (and only those) occurring before the "\restartbib" function. -->
# Refereneces
::: {#refs}
:::

\restartbib

# …

我想引用一个项目中使用的 R 包，但由于它们相当多，我认为创建两个单独的参考部分是个好主意：一个包含我特定领域的引用，一个包含 R 的引用包。

我的第一个想法是检查我是否可以在 .bib 文件中一次导出所有使用的包的引用，但我不确定 R Markdown 可以处理 .bib 文件和特定于我的论文的参考书目域和 R 包的 .bib 文件。

由于函数citation()或toBibtex()生成 Bibtex 引文，我认为可以直接在 .Rmd 文件中使用这些函数生成专用于 R 包的参考部分。但是，当这些命令包含在带有 R Markdown 的块中时，似乎不可能自动格式化引用。

这是我正在尝试做的事情的可重现示例：

---
title: "Cite R packages"
author: ""
date: "01/02/2020"
output: pdf_document
bibliography: test.bib
---

This is a citation of a paper: @mayer2011.

# Bibliography {-}
\setlength{\parindent}{-0.2in}
\setlength{\leftskip}{0.2in}
\noindent
<div id="refs"></div>
```{r refmgr references, results="asis", echo=FALSE}
# Print
```
\setlength{\parindent}{0in}
\setlength{\leftskip}{0in}
\setlength{\parskip}{0pt}

# Bibliography for R packages {-}
```{r} …

[仅供参考：这个问题与 rmarkdown 有关：如何为文档使用多个参考书目

在 LaTeX 文档甚至 Rmarkdown 中.Rnw，我可以简单地使用类似的东西

\bibliography{graphics, statistics, timeref}

让 BibTeX 在我的本地目录下搜索文件graphics.bib、statistics.bib、 和。timeref.bibtexmf

在.Rmd使用yaml标题的文件中，我被迫使用绝对路径（不可移植）或相对路径（笨重、容易出错）列出每个参考书目文件。这是最近的一个例子：

---
title: "My Cool Paper"
author: "Me"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
  html_document

bibliography:
  - "../../../localtexmf/bibtex/bib/graphics.bib"
  - "../../../localtexmf/bibtex/bib/statistics.bib"
  - "../../../localtexmf/bibtex/bib/timeref.bib"
---

问题：就像我可以r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')使用 R 来填写日期一样，我可以使用一些 R 表达式来查找/填写 .bib 文件的路径吗bibliography:？

好的，从前面的问题来看，我尝试使用

bibliography:
  - "`r system('kpsewhich graphics.bib')`"
  - "`r system('kpsewhich statistics.bib')`" …