我正在尝试在我的计算机上安装rpy2,但我无法做到.
我下载了源包,并尝试使用该命令安装Rpy2(rpy2-2.3.2)python setup.py install.这是结果:
running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS
returned an empty string.
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS
returned an empty string.
Configuration for R as a library:
include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
libraries: ('R',)
library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
extra_link_args: ()
# OSX-specific (included in extra_link_args)
framework_dirs: ()
framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface …我在这里和其他地方看到过很多关于这个错误的帖子,但是所提出的解决方案似乎都没有相关性.我在Python 2.7.9上,我的路径中有一个R可执行文件,我正在尝试将它安装在不在Windows上的RHEL服务器上.
这是我看到的具体错误.有没有人知道是什么原因导致它或如何解决它？谢谢!
$ pip install rpy2
Downloading/unpacking rpy2
Downloading rpy2-2.5.6.tar.gz (165kB): 165kB downloaded
Running setup.py (path:/tmp/pip_build_my520/rpy2/setup.py) egg_info for package rpy2
Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.
Complete output from command python setup.py egg_info:
Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.
我知道有很多关于在Windows 7 32位上启动和运行rpy2的帖子.我已经引用了很多这些并尝试了他们的解决方案,包括使用PypeR.
我没有在我的路径中明确设置R_HOME变量,但根据这个问题,我确认R在我的PATH中(我可以R在命令行输入并让R运行)甚至复制了i386文件夹中的所有文件到父bin文件夹.
我的问题粘贴在下面.有什么想法吗？
In [5]: from rpy2 import robjects
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-1f019d00d232> in <module>()
----> 1 from rpy2 import robjects
C:\Anaconda\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py in <module>()
16 import rpy2.rlike.container as rlc
17
---> 18 from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject
19 from rpy2.robjects.vectors import *
20 from rpy2.robjects.functions import Function, SignatureTranslatedFunction
C:\Anaconda\lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py in <module>()
3 import rpy2.rinterface
4
----> 5 rpy2.rinterface.initr()
6
7 import conversion
RuntimeError: R_HOME not defined.
我似乎无法为python安装Rpy2.最初我遇到了显示以下错误的问题.
Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.
但后来我按照以下主题中的说明操作:在win7上安装rpy2时遇到问题(R 2.12,Python 2.5)
我将R\R-2.12.1\bin\i386中的所有文件放入并复制到R\R-2.12.1\bin,然后将我的环境路径设置为指向R\R-2.12.1.现在尝试再次从源安装它..
python setup.py run
我犯了同样的错误.如果我将路径变量设置为R\R-2.12.1\bin \然后我得到以下错误,如给出第二个答案的人所示
ValueError: Invalid substring in string
如果有新的方法可以解决这个问题,那么我认为从现在起一年后,这个主题已经过时了.
编辑=一次
提前致谢