在Windows 7上安装rpy2

Question

我正在尝试在我的计算机上安装rpy2,但我无法做到.

我下载了源包,并尝试使用该命令安装Rpy2(rpy2-2.3.2)python setup.py install.这是结果:

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

我也试图与build install和easy_install没有成功.我有R 2.15.2,Python 2.7.2和Windows 7(32位).

我究竟做错了什么？

PS.如果我粘贴该命令,结果是:

cygwin警告:

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

-LC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386 -lR

Answer 1

好.根据以前的经验,我发现没有很多关于如何在Windows上安装rpy2的说明.我知道它没有得到官方支持,但实际上并不那么难.在几个步骤中,我将展示我做了什么,也许其他人可以遵循.

这些说明很可能只适用于Python 2.7+和R 3.2+,但可能适用于R 3.0+.我正在把我用过的路径放在我的系统上.确保相应地修改路径:

首先,在尝试这些步骤之前,确保先前的任何rpy2安装都是未安装的(显然在安装之前有R 3.2+).

1. 从这里下载r2py的.whl文件
2. 使用pip install [put .whl filename here](在命令行中)从下载文件的目录安装.whl文件
3. 追加与C:\Program Files\R\R-3.2.0\binPATH环境变量类似的路径
4. 创建一个R_HOME类似于以下值的系统变量:C:\Program Files\R\R-3.2.0
5. R_USER使用您的用户名创建系统变量
6. 创建一个R_LIBS_USER系统变量,其中包含将安装外部R软件包的文件夹的路径.

而已.打开命令提示符并输入命令R.这应该启动R会话并显示版本信息.

现在打开python并运行此行以查看是否有效:

import rpy2.robjects as robjects 

希望这会有所帮助.

Answer 2

我刚用http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2的二进制安装程序在Windows 8.1 64bit上成功安装了rpy2 .通常更容易下载二进制文件而不是尝试在Windows中编译软件包.

此外,在安装rpy2二进制文件之前,应该设置R_HOME环境变量(在我的情况下为to C:\Program Files\R\R-3.1.1).否则,RuntimeError: R_HOME not defined.当您尝试导入rpy2时会出现错误.(感谢rpy2的R_HOME错误)

最后,请确保使用%load_ext rpy2.ipython而不是%load_ext rmagic在IPython中使用它.它是rpy2版本2.4.0 中的新功能之一.

(感谢IPython笔记本和rmagic/rpy2:找不到模块ri2py(OSX 10.8.5,python 2.7,R 3.1))

Answer 3

我一般也没有成功让Rpy2在Windows上运行.使用预编译的二进制文件2.3.4.win-amd64-py2.7中的 R2.15和Rpy2几个小时后,我按照这个问题,然后安装了pyper.也许这对你有用,直到有支持.一,我很想看到在Windows和IPython的笔记本(%load_ext rmagic)Rpy2,但我只是不能花更多的时间与它.

Answer 4

安装脚本setup.py表明运行时遇到问题

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

打开终端，粘贴该命令，检查错误是什么。

当您使用输出编辑问题时，问题似乎是，当从python setup.py install空字符串作为子进程运行该命令时，会返回一个空字符串，而从终端运行该命令时会出现输出。我还从终端的输出中读取到涉及 cygwin 的信息。也许这就是问题所在？