相关疑难解决方法(0)

一些背景:

我必须经常使用HMR包中HMR的函数.不幸的是,这个功能非常慢.(HMR本质上是一个拟合函数,它被设计为尽可能健壮,这是缺乏效率的一个原因.)函数HMR调用函数HMR::.HMR.fit1,它执行实际拟合.使用Rprof我知道关于效率的主要问题是使用lsfit,这被称为很多.因此,我修改了代码.HMR.fit1来lsfit直接调用直接使用的C函数而没有所有开销lsfit,这应该导致显着的速度增益.

现在我想HMR::.HMR.fit1用我修改过的函数代替并测试HMR它是否给出了相同的结果以及我获得了多少速度.

我试着这样做:

mod.fun <- function(<many args>) {
 <a lot of code>
}
environment(mod.fun) <- environment(.HMR.fit1)
.HMR.fit1 <- mod.fun 

但是,HMR::.HMR.fit1这样做不会改变,显然HMR::HMR不会使用我修改过的拟合函数.有没有办法实现我想要的,而无需从源代码构建软件包,由于我的(Windows)计算机上的用户权限限制,我无法做到这一点？

现在,我的解决方案是复制代码HMR::HMR,但我希望有一个更方便的解决方案.

这是我第一次尝试此操作，因此如果我弄错了术语，我们深表歉意。我正在使用一个软件包（生物导体上的snapCGH）。我调用了一个函数plotSegmentedGenome，该函数又调用了基因组图。这两个函数都在snapCGH命名空间中：

> environment(plotSegmentedGenome)
<environment: namespace:snapCGH>
> environment(genomePlot)
<environment: namespace:snapCGH>

我想修改基因组图。我的第一次尝试是简单地运行

> genomePlot

因此，我可以获取代码并从中创建一个新函数。我想更改两件小事。它以mb为单位标记x轴，而Id则以bp为单位标记（因此要乘以标签，但所绘制的值将不乘以1000000）。其次，它用令人讨厌的红色染色体标记了x轴。我想完全删除该标签。将此尝试另存为基因组图.R并获得了它。

如果然后运行plotSegmentedGenome，则没有任何变化。因此，我认为它仍在其命名空间中使用基因组绘图功能。如果在全局环境中创建自己的plotSegmentedGenome副本，则会收到错误“错误：找不到对象'chrominfo.Mb'”。这是plotSegmentedGenome的参数之一，我想是在环境中创建的。

我希望这是有道理的，并且有一个解决方案并不容易:)

ps：我在http://www.r-bloggers.com/environments-in-r/上阅读了此内容，虽然很有趣，但不够详尽，无法让我找出解决方法。如果我能写

snapCGH$genomePlot <- customGenomePlot
or 
snapCGH:::genomePlot <- customGenomePlot

更新：基于包函数内的重定向/拦截函数调用

我试过了

 library(proto)
  plotSegmentedGenome <- with(proto(environment( plotSegmentedGenome),  plotSegmentedGenome = snapCGH:: plotSegmentedGenome, genomePlot = genomePlot), my_genomePlot)

但是我仍然收到错误

 Error in plotSegmentedGenome(SegInfo.Hom.runDNAcopy, array = array, chrom.to.plot = 19,  : 
   object 'chrominfo.Mb' not found
  > 

它至少正在调用该函数的版本，因为它会打印我卡在my_genomePlot中的消息（“它还活着！”）。