修改包装功能

Question

这是我第一次尝试此操作，因此如果我弄错了术语，我们深表歉意。我正在使用一个软件包（生物导体上的snapCGH）。我调用了一个函数plotSegmentedGenome，该函数又调用了基因组图。这两个函数都在snapCGH命名空间中：

> environment(plotSegmentedGenome)
<environment: namespace:snapCGH>
> environment(genomePlot)
<environment: namespace:snapCGH>

我想修改基因组图。我的第一次尝试是简单地运行

> genomePlot

因此，我可以获取代码并从中创建一个新函数。我想更改两件小事。它以mb为单位标记x轴，而Id则以bp为单位标记（因此要乘以标签，但所绘制的值将不乘以1000000）。其次，它用令人讨厌的红色染色体标记了x轴。我想完全删除该标签。将此尝试另存为基因组图.R并获得了它。

如果然后运行plotSegmentedGenome，则没有任何变化。因此，我认为它仍在其命名空间中使用基因组绘图功能。如果在全局环境中创建自己的plotSegmentedGenome副本，则会收到错误“错误：找不到对象'chrominfo.Mb'”。这是plotSegmentedGenome的参数之一，我想是在环境中创建的。

我希望这是有道理的，并且有一个解决方案并不容易:)

ps：我在http://www.r-bloggers.com/environments-in-r/上阅读了此内容，虽然很有趣，但不够详尽，无法让我找出解决方法。如果我能写

snapCGH$genomePlot <- customGenomePlot
or 
snapCGH:::genomePlot <- customGenomePlot

更新：基于包函数内的重定向/拦截函数调用

我试过了

 library(proto)
  plotSegmentedGenome <- with(proto(environment( plotSegmentedGenome),  plotSegmentedGenome = snapCGH:: plotSegmentedGenome, genomePlot = genomePlot), my_genomePlot)

但是我仍然收到错误

 Error in plotSegmentedGenome(SegInfo.Hom.runDNAcopy, array = array, chrom.to.plot = 19,  : 
   object 'chrominfo.Mb' not found
  > 

它至少正在调用该函数的版本，因为它会打印我卡在my_genomePlot中的消息（“它还活着！”）。

Answer 1

我终于找到了一个适用于所有情况的解决方案！

environment(customGenomePlot) <- asNamespace('snapCGH')
assignInNamespace("genomePlot", customGenomePlot, ns = "snapCGH")

调用environment()确保函数能够从包中调用其他隐藏函数。

调用assignInNamespace()确保包中的其他函数将调用该函数的更新版本。

在某些情况下，您可能只需要其中之一，但通常两者都需要。我努力找到这个通用解决方案，发现许多其他在某些情况下不起作用，比如这个（需要相反的顺序），或者这个（错过第二部分），或者这个（抛出错误“无法将绑定添加到锁定环境”）。

Answer 2

您要永久编辑功能吗？还是只是暂时的？

如果要进行永久更改，则应获取该软件包的源版本，修改源代码，然后从更改后的源中安装该软件包。还可以考虑将所做的更改返回给作者/维护者。

如果要临时更改，请尝试以下命令：

trace(genomePlot, edit=TRUE)

这将打开一个带有源代码的编辑器（如果您不想使用默认值，也可以指定哪个编辑器）并进行编辑。当您保存并退出编辑器时，它将保存您编辑过的版本，而不是原来的版本，同时要注意环境/命名空间/ etc。

此更改将仅在当前R会话中持续，或者直到您调用该untrace函数为止。