如何安装没有root权限的python包？

Question

我正在使用numpy/  scipy/ pynest在Mac OS X上进行一些研究计算.为了提高性能,我们从我们大学租用了一个400节点的集群(带有Linux),以便可以并行完成任务.问题是我们不允许在集群上安装任何额外的软件包(没有sudo或任何安装工具),它们只提供原始python本身.

如何在群集上运行我的脚本呢？有没有办法集成模块(numpy和scipy也有一些我认为编译的二进制文件),以便它可以解释和执行而无需安装包？

Answer 1

您不需要root权限即可在主目录中安装软件包.您可以使用诸如此类的命令来执行此操作

pip install --user numpy

或来自消息来源

python setup.py install --user

请参阅/sf/answers/500044751/

第一种选择更方便,所以如果服务器没有pip或者easy_install,你应该礼貌地要求管理员添加它,向他们解释好处(他们不会再被单个包的请求打扰).

Answer 2

您可以通过virtualenv包创建虚拟环境.

这会创建一个文件夹(比如说venv),其中包含Python可执行文件的新副本和一个新site-packages目录,您可以在其中"安装"任意数量的包,而无需任何类型的管理访问.因此,通过激活环境source venv/bin/activate将为Python提供一个与安装这些软件包相当的环境.

我知道这适用于SGE集群,但虚拟环境的激活方式可能取决于集群的配置.

您可以尝试virtualenv使用以下步骤在您自己的site-packages目录中的群集上进行安装:

1. 从这里下载virtualenv ,把它放在你的集群上

2. 使用它安装setup.py到特定的本地目录作为您自己的站点包:

   python setup.py build
   python setup.py install --install-base /path/to/local-site-packages
   

3. 将该目录添加到PYTHONPATH:

   export PYTHONPATH="/path/to/local-site-packages:${PYTHONPATH}"
   

4. 创建一个virtualenv:

   virtualenv venv