在R中使用ggplot2覆盖两个图

Question

我有两张图,我试图将一个叠加在另一个上面:

数据框"ge"的示例如下所示.实际上有10个Genes,每个200个样本,所以有2000行和3列:

Exp    Gene    Sample
903.0   1       1
1060.0  1       2
786.0   1       3
736.0   1       4
649.0   2       1
657.0   2       2
733.5   2       3
774.0   2       4

数据框"avg"的示例如下所示.这是所有样品中每个基因的数据点的平均值.实际上这个图有10个基因,所以矩阵是4col X 10行:

mean       Gene   sd         se
684.2034    1   102.7142    7.191435
723.2892    2   100.6102    7.044122

第一张图描绘了每个基因的平均表达线以及每个数据点的标准偏差.

avggraph <- ggplot(avg, aes(x=Gene, y=mean)) + geom_point() +geom_line() + geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), width=.1)

第二张图描绘了跨所有基因的每个样品的线形式的基因表达.

linegraphs <- ggplot(ge, aes(x=Gene, y=Expression, group=Samples, colour="#000099")) + geom_line() + scale_x_discrete(limits=flevels.tge)

我想在线图上叠加avggraph.有没有办法做到这一点？我试过avggraph + linegraphs但是我收到了一个错误.我认为这是因为图表是由两个不同的数据帧生成的.

我还应该指出两个图的轴是相同的.两个图都具有X轴上的基因和Y轴上的基因表达.

任何帮助将不胜感激!

Answer 1

一种方法是将geom_line第二个绘图的命令添加到第一个绘图.您需要告诉ggplot该geom基于不同的数据集:

ggplot(avg, aes(x=Gene, y=mean)) + 
  geom_point() + 
  geom_line() + 
  geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), width=.1) +
  geom_line(data = ge, aes(x=Gene, y=Exp, group=Sample, colour="#000099"),
            show_guide = FALSE)

最后一个geom_line命令用于根据原始数据创建行.