如何将mcmc.list转换为bug对象？

Question

我正在使用rjagsR库.该函数coda.samples产生一个mcmc.list,例如(from example(coda.samples)):

library(rjags)
data(LINE)
LINE$recompile()
LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000)
class(LINE.out)
[1] "mcmc.list"

但是,我想使用该plot.bugs函数,它需要一个bugs对象作为输入.

是否可以将对象从对象转换mcmc.list为bugs对象,以便plot.bugs(LINE.out)？

请注意,stats.SE上有一个类似的问题,一个多月没有得到答复.这个问题的结果是在2012年8月29日结束.

更多提示:

我发现R2WinBUGS包有一个函数"as.bugs.array"函数 - 但是不清楚该函数如何应用于mcmc.list.

Answer 1

我不知道这是否会给你你想要的。请注意，该model代码来自使用您的代码，然后LINE在光标处键入。其余的只是标准的错误代码，除了我用于tau = rgamma(1,1)初始值并且不知道它有多标准。我不止一次看到它tau = 1被用作初始值。或许这样会更好。

实际上，我rjags使用您所使用的相同model代码创建了一个对象，并添加了一条jags语句来运行它。我承认这与将 coda 输出转换为对象不同bugs，但它可能会导致您获得所需的plot.

如果您只有一个mcmc.list并且没有model代码，而您只是想绘制mcmc.list，那么我的答案将无济于事。

library(R2jags)

x <- c(1, 2, 2, 4, 4,  5,  5,  6,  6,  8) 
Y <- c(7, 8, 7, 8, 9, 11, 10, 13, 14, 13) 

N <- length(x)
xbar <- mean(x)

summary(lm(Y ~ x))

x2 <- x - xbar

summary(lm(Y ~ x2))

# Specify model in BUGS language

sink("model1.txt")

cat("

model  {
                for( i in 1 : N ) {
                        Y[i] ~ dnorm(mu[i],tau)
                        mu[i] <- alpha + beta * (x[i] - xbar)
                }
                tau ~ dgamma(0.001,0.001) 
                sigma <- 1 / sqrt(tau)
                alpha ~ dnorm(0.0,1.0E-6)
                beta ~ dnorm(0.0,1.0E-6)        
        }

",fill=TRUE)
sink()

win.data <- list(Y=Y, x=x, N=N, xbar=xbar)

# Initial values
inits <- function(){ list(alpha=rnorm(1), beta=rnorm(1), tau = rgamma(1,1))}

# Parameters monitored
params <- c("alpha", "beta", "sigma")

# MCMC settings
ni <- 25000
nt <-     5
nb <-  5000
nc <-     3

out1 <- jags(win.data, inits, params, "model1.txt", n.chains = nc, 
             n.thin = nt, n.iter = ni, n.burnin = nb)

print(out1, dig = 2)
plot(out1)

#library(R2WinBUGS)
#plot(out1)

编辑：

根据评论，也许这样的事情会有帮助。该线str(new.data)表明有大量数据可用。如果您只是尝试创建默认图的变体，那么这样做可能只需根据需要提取和子集数据即可。这plot(new.data$sims.list$P1)只是一个简单的例子。在不确切知道您想要什么图的情况下，我不会尝试更具体的数据提取。如果您发布一张图，显示您想要的确切类型的绘图示例，也许有人可以从这里获取它并发布创建它所需的代码。

顺便说一句，我建议将示例数据集的大小减少到大约三个链，并且迭代次数可能不超过 30 次，直到您获得所需的精确绘图所需的精确代码：

load("C:/Users/mmiller21/simple R programs/test.mcmc.list.Rdata")

class(test.mcmc.list)

library(R2WinBUGS)

plot(as.bugs.array(sims.array = as.array(test.mcmc.list)))

new.data <- as.bugs.array(sims.array = as.array(test.mcmc.list))

str(new.data)

plot(new.data$sims.list$P1)

编辑：

另请注意：

class(new.data)
[1] "bugs"

然而：

class(test.mcmc.list)
[1] "mcmc.list"

这就是您帖子标题所要求的。