优化:Python,Perl和C后缀树库

Question

我有大约3,500个由单行字符串组成的文件.文件大小不一(从大约200b到1mb).我正在尝试将每个文件与其他文件进行比较,并找到两个文件之间长度为20个字符的公共子序列.请注意,子序列仅在每次比较期间在两个文件之间是通用的,并且在所有文件中不常见.

我已经解决了这个问题,因为我不是专家,所以我最终得到了一些临时解决方案.我使用itertools.combinations在Python中构建一个列表,最终得到大约6,239,278个组合.然后,我将这两个文件一次传递给Perl脚本,该脚本充当用C编写的后缀树库的包装器,称为libstree.我试图避免这种类型的解决方案,但Python中唯一可比较的C后缀树包装器遭受内存泄漏.

所以这是我的问题.我已经计时了,在我的机器上,该解决方案在25秒内处理了大约500次比较.这意味着,完成任务需要大约3天的连续处理.然后我必须再做一遍看看25个字符而不是20个.请注意我已经离开了我的舒适区并且不是一个非常好的程序员,所以我确信有一个更优雅的方式去做这个.我以为我会在这里问它并生成我的代码,看看是否有人建议我如何更快地完成这项任务.

Python代码:

from itertools import combinations
import glob, subprocess

glist = glob.glob("Data/*.g")
i = 0

for a,b in combinations(glist, 2):
    i += 1
    p = subprocess.Popen(["perl", "suffix_tree.pl", a, b, "20"], shell=False, stdout=subprocess.PIPE)
    p = p.stdout.read()
    a = a.split("/")
    b = b.split("/")
    a = a[1].split(".")
    b = b[1].split(".")
    print str(i) + ":" + str(a[0]) + " --- " + str(b[0])
    if p != "" and len(p) == 20:
        with open("tmp.list", "a") as openf:
            openf.write(a[0] + " " + b[0] + "\n")

Perl代码:

use strict;
use Tree::Suffix;

open FILE, "<$ARGV[0]";
my $a = do { local $/; <FILE> };

open FILE, "<$ARGV[1]";
my $b = do { local $/; <FILE> };

my @g = ($a,$b);

my $st  = Tree::Suffix->new(@g);
my ($c) = $st->lcs($ARGV[2],-1);

print "$c";

Answer 1

我确信您最好放弃 Python 代码并用 Perl 编写所有代码，而不是编写 Python 来调用 Perl 来调用 C。

如果您的文件确定只包含一行，那么您可以通过编写更简单地读取这些对

my @g = <>;

我相信下面的程序执行与 Python 和 Perl 代码组合相同的功能，但我无法测试它，因为我目前无法安装 libstree。

但正如 ikegami 指出的那样，最好计算并存储每对文件的最长公共子序列，然后将它们分类。我不会继续对此进行编码，因为我不知道您需要什么信息 - 无论它只是子序列长度还是您是否还需要字符和/或子序列的位置。

use strict;
use warnings;

use Math::Combinatorics;
use Tree::Suffix;

my @glist = glob "Data/*.g";
my $iterator = Math::Combinatorics->new(count => 2, data => \@glist);

open my $fh, '>', 'tmp.list' or die $!;

my $n = 0;
while (my @pair = $iterator->next_combination) {
  $n++;
  @ARGV = @pair;
  my @g = <>;
  my $tree  = Tree::Suffix->new(@g);
  my $lcs = $tree->lcs;
  @pair = map m|/(.+?)\.|, @pair;
  print "$n: $pair[0] --- $pair[1]\n";
  print $fh, "@pair\n" if $lcs and length $lcs >= 20;
}