R,Python:在rpy2上安装软件包

Question

我R在我的Python脚本中通过rpy2库使用,我需要一个不在R的默认安装中的软件包.我该如何安装它？

install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")

不行.

在Python上:

>>> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org") 
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'install' is not defined

来自R:

> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
  package ‘DirichletReg’ is not available (for R version 2.14.1)

Answer 1

里卡多的回答不再适用.

要从Python安装:

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('DirichletReg')

该utils软件包是R.utils其文档可在此处找到的软件包:https://CRAN.R-project.org/package=R.utils

截至我上次编辑时,文档仍然说要执行此操作.

Answer 2

运行时pytest，Aaron 的回答使我的 Python 挂起，R 不断给出错误消息，可能是因为：

在install_packages()没有先选择镜像的情况下调用将需要用户交互地选择镜像。

根据rpy2 文档，我使用了这个有效的方法：

from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages

utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
utils.install_packages("DirichletReg")
DirichletReg = rpackages.importr("DirichletReg")

Answer 3

这个怎么样

>>> import rpy2.interactive as r
>>> r.importr("utils")
>>> package_name = "DirichletReg"
>>> r.packages.utils.install_packages(package_name)