R:将矩阵重排为三列

Question

我在R的矩阵中的每个条目i,j是一个得分和rownames和colnames是IDS.

取而代之的是矩阵的我只是想有一个3列矩阵:i,j,score

现在我正在使用嵌套for循环.喜欢:

for(i in rownames(g))
    {
        print(which(rownames(g)==i))
        for(j in colnames(g))
        {
            cur.vector<-c(cur.ref, i, j, g[rownames(g) %in% i,colnames(g) %in% j])
            rbind(new.file,cur.vector)->new.file
        }

    }

但是我觉得这样效率非常低......我确信有一个更好的方法我还不够R.思考？

Answer 1

如果您首先将矩阵转换为表(带as.table)然后转换为数据框(as.data.frame),那么它将完成您要求的任务.一个简单的例子:

> tmp <- matrix( 1:12, 3 )
> dimnames(tmp) <- list( letters[1:3], LETTERS[4:7] )
> as.data.frame( as.table( tmp ) )
   Var1 Var2 Freq
1     a    D    1
2     b    D    2
3     c    D    3
4     a    E    4
5     b    E    5
6     c    E    6
7     a    F    7
8     b    F    8
9     c    F    9
10    a    G   10
11    b    G   11
12    c    G   12

Answer 2

如果我理解正确,你需要弄平矩阵.
您可以使用as.vector和rep添加id列,例如:

m = cbind(c(1,2,3),c(4,5,6),c(7,8,9))
row.names(m) = c('R1','R2','R3')
colnames(m) = c('C1','C2','C3')

d <- data.frame(i=rep(row.names(m),ncol(m)),
                j=rep(colnames(m),each=nrow(m)),
                score=as.vector(m))

结果:

> m
   C1 C2 C3
R1  1  4  7
R2  2  5  8
R3  3  6  9

> d
   i  j score
1 R1 C1     1
2 R2 C1     2
3 R3 C1     3
4 R1 C2     4
5 R2 C2     5
6 R3 C2     6
7 R1 C3     7
8 R2 C3     8
9 R3 C3     9

请注意,此代码将矩阵转换为a data.frame,因为行和列名称可以是字符串,并且您不能使用具有不同列类型的矩阵.
如果您确定所有行和列名称都是数字,则可以将其强制转换为矩阵.