“主应用程序菜单”是什么意思？您指的是“活动概述”中的“应用程序”部分，还是您有一个 GNOME Shell 扩展，可以将应用程序菜单添加到其中一个面板？
无论哪种情况，它们都将基于freedesktop.org 的桌面条目规范和桌面菜单规范。
因此，如果您只需要操作哪些应用程序出现在哪些类别中，您可以编辑Categories应用程序.desktop文件中的键。
您可以使用桌面条目编辑器.desktop在 GUI 中编辑文件（以 root 身份运行它来编辑安装到系统目录的应用程序的桌面条目/usr/share/applications，并/usr/local/share/applciations以普通用户身份运行它来创建您自己的自定义应用程序启动器~/.local/share/applications。
您还可以在 GNOME 3 中使用 GNOME 2 风格的菜单编辑器，alacarte它位于大多数发行版的存储库中。