问题:如何将所有最新的R软件包移动到一个简单的位置,R(和其他所有内容)将从现在开始使用我的软件包？
我一直在玩Ubuntu 10.04上的R,使用各种RGedit,RCmdr,R shell和RStudio.同时,我已经安装通过apt,突触,install.packages(),等等.这显然意味着这些包得到安置无处不在,(与偶尔的须藤扔在)与不同的包,更新包,并重新更新包权限.
目前我有不同版本的不同(和重复)包:
/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.10
/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14
/home/me/R/i486-pc-linux-gnu-library/
/usr/local/lib/R/site-library
/usr/lib/R/site-library
/usr/lib/R/library
首先 - 我是单个用户,在一台机器上 - 我不想要多个库位置,我只是希望它能够工作.
第二 - 我的连接速度非常慢,并且不能一直重复下载包.
那么 - 有一种简单的方法可以将所有这些库位置合并到一个简单的位置吗？我可以将文件夹复制过来吗？
我如何在具体情况下设置它并且始终是R相关查找和更新包的地方？
这令人抓狂.
谢谢你的帮助.
是的,它几乎可以复制文件夹.但是没有NAMESPACE文件的2.14之前的软件包可能无法在R 2.14中运行,其中所有软件包都必须具有命名空间...
如果您有多个版本,您需要手动确保只复制每个软件包的最新版本...
如果您输入.libPaths(),它会告诉您R在哪里查找包裹.列表中的第一个是通常安装新软件包的位置.我怀疑.libPaths()可能会从RStudio和Rcmd等返回不同的东西.
将各种信息拼凑在一起后，这里是： R 包目录组织的完整白痴指南：
NB1 - 这是我使用 Ubuntu 的经验 - 你的体验可能会有所不同 NB2 - 我是一台机器上的单个用户，我喜欢简单的事情。
Ubuntu 将通过 apt 或 synaptic 安装的任何内容放入：
/usr/lib/R/site-library
/usr/lib/R/library
目录。默认的 vanilla R 安装将尝试在此处安装软件包：
/usr/local/lib/R/site-library
由于这些是系统目录，用户没有写入权限，根据您与 R 交互的方法，您可能会收到友好的提示 - “嘿伙计 - 我们不能在那里写入，您希望我们将您的包放入其中你的主目录？” 这看起来天真且合理……假设你从不改变你的 GUI 或你的工作环境。如果这样做，新的 GUI/环境可能不会在放置包的目录中查找，因此不会找到它们。（大多数界面都有一种方法可以让你指出你的个人包库的位置，但谁愿意在配置文件中乱搞呢？）
对于我来说，在 Ubuntu 上使用默认安装设置的最佳实践（如果我错了，请随时纠正我）似乎是从基本 R shell 作为 sudo 进行任何包管理：> sudo R然后从那里执行你的install.packages()voodoo 。这似乎将包放入usr/local/lib/R/site-library目录中。
同时，会更新和目录update.packages()中的文件，以及/usr/lib/R/site-libraryusr/lib/R/libraryusr/local/lib/R/site-library
（至于usr/lib/R/分区，看起来/library/有核心包，同时/site-library/包含任何添加的内容，假设它们是由 apt 安装的......）
以前安装在错误位置的任何软件包都可以通过移动目录（感谢@Tommy）移动到该目录/usr/local/lib/R/site-library（假设您正在sudo使用它），但usr/lib/R/由 apt 控制 - 最好不要从那里添加或删除任何内容。 。
呼。无论如何 - 足够简单，并且用简单的语言。感谢大家的帮助。