R glmnet as.matrix()错误消息

Question

我正在尝试glmnet在数据集上使用该包.我正在使用cv.glmnet()获取lambda值glmnet().我将它们排除在第1,2,7,12列之外:id列,响应列,包含NA,并包含NA.

这是数据集和错误消息:

> head(t2)
  X1 X2        X3 X4 X5         X6    X7 X8 X9 X10 X11 X12
1  1  1 0.7661266 45  2 0.80298213  9120 13  0   6   0   2
2  2  0 0.9571510 40  0 0.12187620  2600  4  0   0   0   1
3  3  0 0.6581801 38  1 0.08511338  3042  2  1   0   0   0
4  4  0 0.2338098 30  0 0.03604968  3300  5  0   0   0   0
5  5  0 0.9072394 49  1 0.02492570 63588  7  0   1   0   0
6  6  0 0.2131787 74  0 0.37560697  3500  3  0   1   0   1
> str(t2)
'data.frame':   150000 obs. of  12 variables:
 $ X1 : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ X2 : int  1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ X3 : num  0.766 0.957 0.658 0.234 0.907 ...
 $ X4 : int  45 40 38 30 49 74 57 39 27 57 ...
 $ X5 : int  2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 ...
 $ X6 : num  0.803 0.1219 0.0851 0.036 0.0249 ...
 $ X7 : int  9120 2600 3042 3300 63588 3500 NA 3500 NA 23684 ...
 $ X8 : int  13 4 2 5 7 3 8 8 2 9 ...
 $ X9 : int  0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ X10: int  6 0 0 0 1 1 3 0 0 4 ...
 $ X11: int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ X12: int  2 1 0 0 0 1 0 0 NA 2 ...

> cv1 <- cv.glmnet(as.matrix(t2[,-c(1,2,7,12)]), t2[,2], family="binomial")
Error in as.matrix(cbind2(1, newx) %*% nbeta) : 
  error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'as.matrix': Error in t(.Call(Csparse_dense_crossprod, y, t(x))) : 
  error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 't': Error: invalid class 'NA' to dup_mMatrix_as_dgeMatrix
> cv1 <- cv.glmnet(as.matrix(t2[,-c(1,2,7,12)]), t2[,2], family="multinomial")
Error in t(.Call(Csparse_dense_crossprod, y, t(x))) : 
  error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 't': Error: invalid class 'NA' to dup_mMatrix_as_dgeMatrix

有什么建议？

Answer 1

出于某种原因,glmnet喜欢data.matrix()到as.matrix()

cv1 <- cv.glmnet(data.matrix(t2[,-c(1,2,7,12)]), t2[,2], family="multinomial")

应该做的工作.

Answer 2

使用cv.glmnet时,我有类似的错误消息.cv.glmnet可以在RStudio中正常运行,但在使用Rscript时无法正常工作.我的修复是添加到我的脚本的顶部:

require(methods)

似乎"glmnet"包可能正在使用"methods"包中的一些函数,但是在使用Rscript时,启动时不会加载此包.但是,"methods"包通常默认加载到R中.

以下是有关此Rscript功能的信息:

Rscript不加载方法包,R确实 - 为什么,后果是什么？

我希望这可以帮助遇到与我相同问题的人.

Answer 3

我得到了同样的错误消息.不幸的是,它并不像使用data.matrix()那么容易.

该错误发生在输入矩阵和模型系数的交叉积中.

在predict.glmnet中:

nfit = as.matrix(cbind2(1,newx)%*%nbeta)

是什么解决了我的问题是迫使x到dgCMatrix.我真的不明白为什么,但它对我有用.

predict(object = lm, newx =  as(x, "dgCMatrix"), type = "response")

由于我没有在关于该错误的许多问题中找到答案,我以为我会在这里发布.