在 matplotlib 中绘制大量点和边

Question

我有一些这种格式的点（大约 3000）和边（大约 6000）：

points = numpy.array([1,2],[4,5],[2,7],[3,9],[9,2])
edges = numpy.array([0,1],[3,4],[3,2],[2,4])

其中边是点的索引，因此每条边的开始和结束坐标由下式给出：

points[edges]

我正在寻找一种更快/更好的方法来绘制它们。目前我有：

from matplotlib import pyplot as plt
x = points[:,0].flatten()
y = points[:,1].flatten()
plt.plot(x[edges.T], y[edges.T], 'y-') # Edges
plt.plot(x, y, 'ro') # Points
plt.savefig('figure.png')

我读到了有关 lineCollections 的内容，但不确定如何使用它们。有没有办法更直接地使用我的数据？这里的瓶颈是什么？

一些更真实的测试数据，绘图时间约为132秒：

points = numpy.random.randint(0, 100, (3000, 2))
edges = numpy.random.randint(0, 3000, (6000, 2))

Answer 1

好吧，我发现以下更快：

from matplotlib import pyplot as plt
from matplotlib.collections import LineCollection
lc = LineCollection(points[edges])
fig = plt.figure()
plt.gca().add_collection(lc)
plt.xlim(points[:,0].min(), points[:,0].max())
plt.ylim(points[:,1].min(), points[:,1].max())
plt.plot(points[:,0], points[:,1], 'ro')
fig.savefig('full_figure.png')

还有可能做得更快吗？