使用 tidyr 或 dplyr 方法进行 Fisher 精确

Question

我有包含两组的数据数据框：肿瘤组和正常组。对于每个站点/行，我想计算费舍尔精确值以用于Methyl UnMethy之间的使用Tumor and Normal

我正在寻找如何使用 dplyr 方法转换数据以计算每个站点的渔民精确度。

methyl_dat <- data.frame(loci = c("site1", "site2", "site3", "site4"), 
           Methy.tumor = c(50, 5, 60, 12), 
           UnMethy.tumor = c(60, 0, 65, 5), 
           Methy.Normal = c(13, 5, 22, 3),
           UnMethy.Normal = c(86, 0, 35, 3) )

这是 Fischer 对站点 1 的精确策略

              Normal
Tumor          Methyl  UnMethy
  Methy         50      13
  UnMethy       60      86

Answer 1

考虑这样做：

apply(methyl_dat[-1], 1, \(x)fisher.test(matrix(x,2)), simplify = F)