使用shinyproxy部署shiny应用程序时，.Renviron文件放置在哪里？

Question

我正在学习如何使用闪亮代理来部署 R 闪亮应用程序，但我不知道将.Renviron包含用于访问数据库的全局变量的文件放置在哪里。

docker 镜像构建时没有任何错误，但是当我使用以下命令启动容器时：

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template .

它在文件中找不到 env 变量.Renviron，并且最终在需要全局变量的 R 代码部分出现错误。

我当前的文件夹结构如下：

shinyproxy-template/
                   |- app-folder/
                   |- .gitignore
                   |- Dockerfile
                   |- README.md
                   |- app.Rproj
                   |- Rprofile.site
                   |- .Renviron

我尝试将.Renviron文件放入然后app-folder/再次构建 Docker 映像，但全局变量仍然无法访问。

我应该将其放置在哪里.Renviron以便应用程序可以访问全局变量？

Answer 1

有多种选择：

将文件放置.Renviron到容器内的预期位置

您可以添加一个COPY命令来Dockerfile将文件复制.Renviron到预期位置 - 即用户的主目录或WORKDIRDockerfile 中定义的位置。如果是 root 用户，则为：

COPY .Renviron /root/

将环境变量添加.Renviron到 Dockerfile

添加如下行：

ENV VAR1="value1"
ENV VAR2="value2"

给你的Dockerfile

将环境变量添加.Renviron到shinyproxy配置中

您可以application.yaml使用以下方法在配置文件中定义环境变量

container-env:
  VAR1: VALUE1
  VAR2: VALUE2

或者

container-env-file: /path/to/.Renviron

为您的应用程序规范。请注意，这里的路径是在主机上，而不是在容器内。

为了docker run

docker run当您在shinyproxy之外进行操作时，您可以使用--env-file以下参数：

docker run -it -p 3838:3838 shinyproxy-template --env-file /path/to/shinyproxy-template/.Renviron

相关文档链接：

• https://www.shinyproxy.io/documentation/configuration/#apps
• https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/run/#set-environment-variables--e---env---env-file