绘制 PGMPy Networkx 图时出现 StopIteration 错误

Question

我有一个 python 脚本，它使用 pandas 加载 csv 文件，然后使用 pgmpy 通过数据学习贝叶斯网络。

学习结构后，我使用以下函数绘制图表：

nx.draw(graph_model, node_color='#00b4d9', with_labels=True)

这在 Ubuntu 中完美运行，但是，它在运行 Mac 的虚拟机中引发 StopIteration 错误，我用它来编译 Mac 版本。

它抛出的错误如下（我已删除路径，因为它包含项目的名称，这是未发布的工作）：

StopIteration: 
At:
  <path>/site-packages/matplotlib/bezier.py(352): split_path_inout
  <path>/site-packages/matplotlib/patches.py(2754): _shrink
  <path>/site-packages/matplotlib/patches.py(2771): _call_
  <path>/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py(794): _connectionstyle
  <path>/site-packages/matplotlib/patches.py(4453): _get_path_in_displaycoord
  <path>/site-packages/matplotlib/patches.py(4440): get_path
  <path>/site-packages/matplotlib/axes/_base.py(2376): _update_patch_limits
  <path>/site-packages/matplotlib/axes/_base.py(2358): add_patch
  <path>/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py(867): _draw_networkx_edges_fancy_arrow_patch
  <path>/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py(889): draw_networkx_edges
  <path>/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py(334): draw_networkx
  <path>/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.py(120): draw
  <path>/bayesian_network/draw_model.py(7): <module>

我已经检查过学习的图有节点和边。如果我尝试绘制一张只有一个节点的图，它就会起作用。

我已经升级了所有软件包，包括 pgmpy、matplotlib 和 networkx。

此问题是否与在运行 Mac 的虚拟机中执行的代码有关？我目前无法访问真正的 Mac 机器来测试它。

Answer 1

我最终通过将位置添加为圆形布局来解决它。看起来在以前的版本中，它会自动执行此操作，但在安装在虚拟机中的新版本中则不会。

pos = nx.circular_layout(graph_model)

nx.draw(graph_model, node_color='#00b4d9', pos=pos, with_labels=True)