Conda 环境中出现意外的 Python 路径

Question

在 Conda 环境中（base此处），我对 Python 路径中的目录顺序感到惊讶：

python -c "import sys; print(sys.path)"
['', 
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']

如您所见，我本地的非 Conda 路径：

/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages

出现在 Conda 对应项之前：

/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages

这意味着安装在 中的 Python 包miniconda3/lib/python3.7/site-packages如果也在.local/lib/python3.7/site-packages. 事实上，在.local/lib/python3.7/site-packages我有numpyv1.20，但在Conda环境中我需要v1.19，它已正确安装，但被v1.20取代。这似乎违背了使用 Conda 的意义。

我的配置有问题还是我在这里遗漏了一些东西？

一些信息：

which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python

python -V
Python 3.7.12

which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda

conda --version
conda 4.11.0

Answer 1

这是预期行为（请参阅PEP 370），也是Anaconda 建议不要安装用户级软件包的部分原因。

该site模块负责设置sys.pathPython 初始化的时间。中的代码在site.py附加前缀站点之前专门附加用户站点，这就是导致这种优先级的原因。根据PEP 370的动机是，用户将在系统级别安装 Python，但希望优先考虑在用户级别安装的包，因此用户站点应在前缀站点之前加载。

选项

有多种选项可以避免加载用户级站点包。

1：环境变量

环境变量PYTHONNOUSERSITE将切换用户级别的加载site-packages。即，

PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"

2：Python-s标志

或者，Python 二进制文件有一个-s参数专门禁用用户级站点包。

python -s -c "import sys; print(sys.path)"

3：删除（并避免将来）用户级安装

Conda 建议完全避免pip install --user，这会被解释为应该~/.local/lib/python*从系统中删除这些文件夹。

4：自动化Conda环境变量

康达锻造包

Conda Forge 包conda-ecosystem-user-package-isolation将在环境激活期间自动设置PYTHONNOUSERSITE=1。

如果您希望所有环境默认都具有这种隔离，请考虑将其添加到create_default_packages配置列表中：

conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation

请注意，此包还设置R_LIBS_USER="-"，将任何 R 环境与用户级包隔离。

替代套餐

如果您想要更精细的选项，我还创建了单独的软件包，仅设置PYTHONNOUSERSITE=1和PYTHONPATH=""环境变量，可以使用以下命令安装：

## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true

## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null